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6조가 의정부를 거치지 않고 직접 왕에게 보고한 후 집행하는 체제를 말한다.

조선 건국초에는 고려와 마찬가지로 재상들의 의결기구인 도평의사사가 정무를 관장했는데, 이것은 왕권강화를 추구하던 왕실의 반발을 낳았다. 왕자의 난으로 정권을 장악한 이방원(李芳遠：뒤의 태종)은 개혁을 단행하여 1400년 도평의사사를 폐지하고 의정부를 신설했으며, 1405년 의정부의 업무를 6조로 분할하고 전례가 있는 사무는 6조에서 스스로 재결하게 했다.

또한 1414년에는 6조직계제를 완성하여 6조가 각기 사무를 왕에게 직계하며, 왕의 명령을 직접 받아 시행하게 했고 논의할 일이 있으면 6조의 판서들이 서로 의논하여 보고하게 했다. 이것은 의정부의 구성원인 중신들의 권한을 대폭 약화시키는 조치였다. 그러나 왕의 정무가 지나치게 많아지고, 재상권의 반발도 강하여 1436년(세종 18)에는 의정부의 정무의결 기능이 부활되었다.

그러나 1455년 세조가 즉위하자 6조직계제가 부활했다. 이것이 〈경국대전〉에 이어지는데 형식상으로는 의정부 중심제로 되어 있으나 실제의 권한사항은 중요한 부분이 명문화되지 않았다. 그러므로 실제 운영상에서는 6조직계제가 관철되었다고 볼 수 있다.