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삼국시대에는 고구려의 세력권에 들어 평원군 또는 치악성을 설치했으나 뒤에 신라의 영역이 되었다. 삼국통일 후 677년(문무왕 17)에 신라가 북원소경을 설치했으며, 757년(경덕왕 16)에 북원경으로 고쳤다. 고려초인 940년(태조 23)에 원주로 개칭하고, 1018년(현종 9)에 군으로 바꾸어, 영월군과 제천군을 속군으로, 평창현·단산현·영춘현·주천현·황려현을 속현으로 포함한 큰 군이 되었다.

1259년(고종 46)에 일신현(一新縣)으로 강등되었다가 1260년(원종 1)에 원주군으로 복구되었다. 1269년에 정원도호부(靖原都護府)로 승격되고, 1291년(충렬왕 17)에 익흥도호부(益興都護府)로 개칭되었다. 1308년에 원주목으로 승격되었으나 1310년(충선왕 2)에 성안부(成安府)로 강등되었다가 1353년(공민왕 2)에는 원주목으로 회복되었다. 조선에 들어와서도 원주목을 유지했으며, 강원도의 관찰사영이 위치한 행정중심지였다. 그러나 1683~92, 1728~37년에 현으로 강등되기도 했다.

원주의 별호는 평량이었다. 지방제도 개정에 의해 1895년에 23부를 실시함에 따라 강원도의 감영이 폐지되고 원주군이 되어 충주부 관하에 있다가, 1896년에 도제를 실시함에 따라 강원도에 소속되었다. 강원도의 행정중심지가 춘천으로 옮겨감에 따라 이후 행정중심지로서의 역할은 줄어들었으나, 영동지방으로 통하는 도로의 발달, 중앙선과 영동고속도로의 개통 등으로 상업적인 기능이 활발해졌다.

1906년 월경지 정리 때 3개면을 영월에, 1개면을 횡성에, 2개면을 여주에 이관하여 면적이 크게 축소되었으며, 1914년의 군면 폐합으로 14개면이 10개면으로 통합되었다. 1917년에 본부면이 원주면으로 개칭되었다가 1937년에 원주면이 원주읍으로 승격되고, 1955년에 원주읍이 원주시로 승격되어 분리되었다. 1995년 지방자치선거를 앞두고 실시된 전국행정구역개편으로 전형적인 농촌지역이던 원주군과 중심 도시 기능을 담당해왔던 원주시가 하나로 다시 통합되어 새로운 형태의 도농통합시인 원주시를 이루었다.