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1908년 노벨 문학상을 받았으며, 아리스토텔레스 철학의 해설가이며 윤리학과 종교에 대한 저술가였다. 괴팅겐대학교에서 목적론적 관념론자인 독일의 사상가 R. H. 로체 밑에서 공부했으며 베를린대학교에서는 독일의 철학자 F. A. 트렌델렌부르크의 윤리학 사상과 철학에 대한 역사적 접근법에 이끌려 그의 지도를 받았다. 1871년 스위스 바젤대학교의 철학과 교수로 임명되었으며 1874년 예나대학교의 철학교수가 되어 1920년까지 재직했다.

오이켄은 추상적 주지주의와 체계철학에 염증을 느낀 나머지 철학의 초점을 인간의 실제경험에 맞추었다. 그는 인간이야말로 자연과 정신이 만나는 장소이며 정신생활을 지향하는 끊임없는 적극적 노력을 통해 비정신적 성격을 극복하는 것이 인간의 의무이자 특권이라고 주장했다. 때로 윤리적 활동주의라고 불리는 이러한 실천적 노력에는 인간의 모든 능력이 필요하지만 특히 의지와 직관의 노력이 가장 중요하다. 자연주의 철학에 대한 맹렬한 비판을 퍼부었던 그는 영혼 덕분에 인간이 모든 다른 자연세계와 구별되며 영혼은 결코 자연과정만으로는 설명할 수 없다고 주장했다. 이러한 비판은 〈개인과 사회〉(1923)·〈사회주의와 그 생활형태 Der Sozialismus und seine Lebensgestaltung〉(1920)에 잘 나타나 있다. 〈사회주의와 그 생활형태〉에서는 사회주의를 인간의 자유를 제한하고 삶의 정신적·문화적 가치를 파괴하는 체계라고 공격하고 있다. 오이켄의 노벨상 증서에는 '관념론적 생철학을 옹호하고 발전시키기 위해 수많은 저서에서 그가 보여준 서술의 온유함과 강직함'이 지적되어 있다. 그밖의 저서로는 〈삶의 의미와 가치 Der Sinn und Wert des Lebens〉(1908)·〈우리는 아직도 그리스도인이라고 할 수 있는가? Konnen wir noch Christen sein?〉(1911) 등이 있다.