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시내에는 국가지정문화재(국보 1, 보물 9, 사적 3, 천연기념물 1, 중요민속자료 1), 도지정문화재(유형문화재 3, 기념물 5, 무형문화재 2), 문화재자료 11점, 등록문화재 6점이 있다.

미평동·둔덕동에 고인돌이 있으며, 성터로는 봉산동성터와 문수동의 괘락산성이 있다. 해안지역에 충무공과 관련된 유적지가 많은데, 군자동의 여수진남관(麗水鎭南館：국보 제304호)은 충무공 사후에 전라좌수영의 본영으로 창건되었으며, 고소동의 좌수영대첩비 및 타루비(左水營大捷碑墮淚碑：보물 제571호)에는 이항복이 이순신을 기리며 쓴 글이 새겨져 있다. 덕충동의 여수충민사(麗水忠愍祠：사적 제381호)는 충무공의 영혼을 모신 역사가 가장 오랜 곳으로 알려져 있다. 북부에 있는 종고산(鍾鼓山)은 싸움에서 이긴 이순신이 승전고를 울리자 온 산에 종소리와 북소리가 울려 그 이름을 지은 것이라 한다. 그밖에 군자동의 여수석인(麗水石人：전라남도 유형문화재 제33호)과 남산동의 영당(影堂)이 있다.

오동도를 중심으로 한 여수시 동쪽 해상은 한려해상국립공원으로 지정되어 있으며, 수려한 해안자연과 조화된 유물·유적이 많다. 오동도는 여수시 동쪽으로 약 1km 거리의 해상에 있는 작은 섬으로 여수시 해안과 768m의 방파제로 연결되어 있다. 섬에는 동백나무·대나무 등 난대성 식물이 무성하고 철새가 많아 이 지방의 대표적인 관광자원이 되고 있다.

그밖에 수려한 해안경관과 검은모래로 유명한 만성리해수욕장이 만흥동에 있으며, 여수항 앞바다에 떠 있는 듯한 장군도에는 수중석성, 이량장군의 방왜축제비 등이 보존되어 있다. 종화동에는 오동도와 여수항을 한눈에 바라볼 수 있는 자산공원이 있으며, 돌산대교는 남산동과 돌산읍을 잇는 연륙교로 1984년 완공되었다. 매년 약 559만 명의 관광객이 방문한다(2006).