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덴마크에서 자연주의 운동을 시작했고 이 운동의 가장 유명한 대표자가 되었다.

자연과학을 공부하여 찰스 다윈의 추종자가 되었으며 〈종의 기원 On the Origin of Species〉(1871~73)·〈유전론 The Descent of Man〉(1874)을 덴마크어로 번역했다. 그러나 창조적 집필활동은 소설 2편, 약간의 단편, 시 몇 편에 국한된다. 생애의 마지막 12년 동안 폐결핵으로 투병생활을 했다. 이 시기에 거의 모든 작품을 천천히 고통스럽게 날마다 일정 분량씩 써나갔다. 야코브센은 현실의 모든 단면을 자세히 관찰하여 있는 그대로 꼼꼼하게 그리려 한 묘사의 대가였다.

코펜하겐대학교에 다닐 때 사실주의·자연주의·사회참여 예술을 주장한 게오르 브란데스의 강의를 들었다. 소설집 〈모겐스 Mogens〉(1872)는 덴마크 문학사상 첫번째 자연주의 작품으로 간주된다. 브란데스는 이 작품을 찬탄하며 야코브센을 '현대적 혁신을 이룩한 인물들' 가운데 한 사람으로 보았다.

첫번째 소설 〈마리 그루베 부인 Fru Marie Grubbe〉(1876)은 자연적 본능이 사회적 본능보다 강하여 총독 부인에서 뱃사공의 아내로 사회적 지위가 전락해버린 17세기 어느 여인에 대한 심리학적 연구서이다. 이 책은 처음 보수적인 언론에게 터무니없는 사실주의라는 공격을 받았다. 2번째 소설인 〈닐스 뤼네 Niels Lyhne〉(1880)는 삶의 철학을 얻고자 노력한 어느 남자의 이야기이다. 그의 시는 사후에 수집되어 1886년 출판되었다.