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교회법상 독립된 자치교구이며 콘스탄티노플 총대주교구 교회 다음 가는 권위를 지닌다. 이 교구의 총대주교는 복음서 저자 성 마르코의 후계자로 간주되며 아프리카에 있는 동방정교회 우두머리가 된다.

알려진 바에 따르면, '알렉산드리아와 전체 아프리카 그리스 정교회 총대주교구'(The Greek Orthodox Patriarchate of Alexandria and All Africa)라고도 부르는 이 교구는 칼케돈 공의회(451)에서 제안한 그리스도의 두 본성에 대한 정의를 받아들인 멜키트 교도, 즉 이집트 그리스도교도(이들 대부분은 이집트에 사는 그리스인들이었음)를 계승하고 있다. 그러나 대부분의 이집트 그리스도교도들은 그리스도가 두 본성을 갖는다는 정의를 받아들이지 않고 '알렉산드리아 총대주교'를 우두머리로 하는 콥트 교회를 조직했다.

정교회 그리스도교도들과 같은 교에 속했던 소수의 그리스인들은, 7세기에 이슬람의 지배를 받게 되자 많은 사람이 이슬람교로 개종하여, 그 규모가 훨씬 작아졌으나 그뒤로도 알렉산드리아와 카이로에 계속 남아 있었다. 19세기에 이집트가 번영하면서 수천 명의 그리스인과 시리아인이 이집트로 이주했으므로 이집트의 그리스 정교회 규모가 갑자기 커졌다. 20세기에는 이집트 밖의 여러 아프리카 국가에 정교회 신도들의 거주지가 여럿 생겨 리비아의 트리폴리, 에티오피아의 아디스아바바, 튀니스, 수단의 하르툼, 요하네스버그 등에 정교회 교구들이 창설되었다. 그러나 이집트에서는 그리스 정교회 신도의 수가 점차 줄어들고 있다.

알렉산드리아 총대주교구의 정교회 신도수는 정확히 알 수 없으나 1980년에 약 11만 명이었던 것으로 추산된다.