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아프리카적인 그리스도교를 오랫동안 추구했으며, 이 운동의 신봉자들은 자신들이 해외에서 이식된 교파적인 선교 형태보다 더 정통적이라고 말한다. 이 운동은 우간다의 영국성공회 교인 레우벤 스파르타스가 미국에 흑인으로만 구성된 아프리카 독립 정교회가 있다는 소식을 듣고서 1929년 아프리카 정교회를 세움으로써 시작되었다.

1932년 그는 미국 교회에 소속된 남아프리카 출신의 대주교에게 성직 임명을 받았다. 이 교회의 주교제도는 인도에 있는 고대 시리아 야코부스파(그리스도 단성론파) 교회에서 유래했다. 아프리카 정교회는 미국의 아프리카 정교회가 이단이라는 사실을 알고는 자신들의 교회 명칭에 '그리스'라는 말을 첨가했다. 1933년 이후에는 그리스 정교회에 소속된 알렉산드리아 총대주교구와 합병했고, 그로 인해 1959년에는 동아프리카 최초의 그리스 정교회 선교구를 관할하는 데까지 발전했다. 그리스 정교회와 합병할 때에는 이 교회와 비슷한 성격을 가지면서도 규모가 좀더 큰 중서부 케냐의 교회들도 합류했다.

1966년 선교의 온정주의, 부적절한 물질적 지원, 그리스어는 할 줄 알면서도 전혀 아프리카를 지향하지 않은 젊은 사제들 때문에 야기된 긴장으로 인해 스파르타스와 그의 추종자들은 분열되었다. 사하라 남부 아프리카 정통 자치교회(우간다에 약 7,000명 정도의 교인을 갖고 있음)라는 새로운 집단이 다른 그리스 정교회 총대주교구들에 접근했으나 실패했다.

이 동아프리카 교회들은 아프리카 교회의 자율권을 주장했고, 민족주의 정치활동에 참여했으며, 아프리카 풍습(예를 들면 일부다처제, 여자들의 순결을 위한 할례의식, 점술)에 적응했다. 이와 동시에 성 요한네스 크리소스토무스의 예배의식서를 토착어로 번역하고, 제의와 성상을 사용하며, 스스로를 동방 정교회와 일치시키는 등 초기교회와의 연결을 추구했다.