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프랑스의 화학자이며 미생물학자인 루이 파스퇴르와 영국의 외과의사 조지프 리스터, 독일의 내과의사 로베르트 코흐는 이 이론을 발전시키고 수용하여 유명해졌다.

19세기 중반에 파스퇴르는 공기중에 있는 유기물이 발효와 부패를 일으키는 원인이 된다는 사실을 증명해 보였다.

1860년대에 리스터는 공기중에 있는 세균을 제거하고 복합골절된 뼈가 썩는 것을 막는 데 석탄산을 이용함으로써 외과수술에 혁명을 일으켰으며, 코흐는 1880년대에 결핵과 콜레라를 일으키는 유기체를 발견했다.

세균설이 옳은 이론으로 받아들여진 것은 오래전부터이지만 이 이론이 의미하는 바가 곧바로 실제생활에 나타나지는 않았다. 예컨대 1870년대에도 피묻은 프록코트가 수술복으로 사용되었고, 1890년대까지도 외과의사는 마스크나 수술모자 없이 수술을 했다.