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1961년 9월 스위스 글란트에서 세계야생생물기금(World Wildlife Fund)이라는 이름으로 설립되었다. 1986년 세계자연보호기금으로 명칭이 변경되었다.

생물학자로 국제연합 교육과학문화기구(UNESCO) 초대 사무총장을 역임했던 영국의 줄리언 헉슬리가 1960년 〈옵서버 The Observer〉에 동부아프리카 지역에서의 동물 남획과 서식지 파괴실태를 경고하는 글을 기고한 것이 계기가 되어 설립되었다. 출범 초기에는 인도의 야생나귀 보호사업을 지원한 것을 비롯해, 멸종 위기에 처한 동물 보존을 위한 자연보호구역·해양보호구역 설치, 포경·상아교역 제한을 위한 국제협정 체결 등의 성과를 올렸다.

1981년 영국 여왕 엘리자베스 2세의 남편인 필립이 총재로 취임한 이후에는 단순한 야생동물 보호기구의 틀을 벗어나 포괄적인 생태계 보존과 공해 방지, 자연자원의 지속적 이용 추진 등으로 활동범위가 확대되었다.

2009년 현재 90여 개국에 500만 명 이상의 회원이 있으며, 1만 5,000여 개의 보호·환경 프로젝트를 수행하고 있다. 수입의 90% 이상이 개인과 회사의 기부를 통해 얻어지고 있다. 이 기금은 국경과 문화, 종교를 넘어서 지구의 온난화와 각종 오염을 막고 모든 생물을 보호하는 데 사용되고 있다. 또한 자원을 효과적으로 사용하여 오염을 줄이고 에너지를 절약하는 데에도 목표를 두고 있다. 세계 멸종동물로 지정된 팬더를 단체의 로고로 사용하고 있으며, 본부는 스위스 글란트에 있다.