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헝가리가 오스만과 합스부르크 세력권으로 양분되었을 때 헝가리의 이해관계를 옹호했다. 바토리가(家)의 궁정에서 성장했으며 트란실바니아 군주 지그몬드 바토리의 신임을 얻었다. 그는 바토리에게 오스만의 술탄 대신 신성 로마 황제(그 역시 합스부르크가 출신의 헝가리 왕이었음)와 동맹을 맺도록 조언했다.

1599년 바토리의 후계자들이 그의 영지를 빼앗자 빈으로 피신해 보호를 요청하고 잃어버린 재산을 회복하고자 했다. 그러나 신성 로마 황제 루돌프 2세가 헝가리 왕국에서 헌법을 말살하고 헝가리 프로테스탄트들의 종교적 자유를 박탈하려 함에 따라 루돌프 2세와 소원한 관계가 되었다.

열렬한 프로테스탄트였던 보치코이는 투르크의 지원을 요청했으며 투르크군은 트란실바니아에서 합스부르크 병력을 축출하는 데 협조했다. 이에 대한 보답으로 1605년 헝가리 의회는 그를 트란실바니아 군주로 선출했으며 술탄 아메드 1세로부터도 군주의 칭호를 인정받았는데 아메드 1세는 페르시아에서 만든 보석으로 장식된 훌륭한 왕관을 그에게 선사했다(→ 오스만 제국).

그는 왕의 칭호를 받기를 거절했지만 투르크와 동맹관계를 노련하게 이용했다. 헝가리를 상실할 위기에 놓인 루돌프는 동생 마티아스 대공의 강렬한 재촉을 받고 보치코이와 협상을 시작했으며 마침내 1606년 6월 23일 빈 평화협정을 맺었다. 이 협정은 트란실바니아와 헝가리 왕국 내에서 헝가리인들의 모든 헌법적·종교적 권리와 특권을 회복하고 보장하는 것이었다.

보치코이는 트란실바니아의 군주로 인정받았으며 트란실바니아인들에게는 자기들의 군주를 선출할 수 있는 권한이 인정되었다. 곧 이어 투르크와 지트보토로크 조약을 맺었는데 이 조약은 빈 평화협정의 조항들을 확증하는 것이었다. 보치코이는 1606년 총리 미하이 카토이의 음모로 독극물에 의해 급사했다. 미하이 카토이는 이후 분노한 보치코이의 추종세력에 의해 코시체의 시장에서 살해되었다.