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교황 알렉산데르 6세가 된 스페인의 로드리고 보르자 추기경과 그의 정부인 로마의 여인 반노차 카타네이 사이에서 태어났으며, 오빠 체사레 보르자와 아버지가 저지른 많은 범죄와 악행들에 동조했다는 이유로 자주 비난받고 있다. 그러나 역사적인 관점에서 그들이 저지른 범죄의 적극적인 공범자라기보다는 아버지와 오빠의 야심에 찬 계획에 수단으로 이용된 듯하다. 3차례에 걸친 유명한 가문과의 혼인은 보르자가의 정치적·영토적 권력을 확장하는 데 도움을 주었다.

1491년 어린 나이에 2명의 스페인 귀족과 차례로 결혼식을 올렸으나 1492년 교황 자리에 오른 아버지가 나폴리의 아라곤 왕조에 반대하여 밀라노의 스포르차 가문과 동맹하기를 원했기 때문에 1493년 페사로 영주인 조반니 스포르차와 결혼했다. 뒤에 알렉산데르(아버지)가 나폴리 세력과 동맹하고 밀라노 세력이 프랑스와 손을 잡자 생명의 위협을 느낀 조반니는 로마로부터 피신했으며, 뒤에 그녀와 알렉산데르 사이를 근친상간으로 고발했다. 그러자 1497년 알렉산데르는 이 결혼이 완전하지 않다는 모호한 이유를 들어 무효화했다.

나폴리 동맹과 유대를 강화할 방법을 찾고 있던 교황 알렉산데르는 1498년 딸을 나폴리의 알폰소 2세의 서자이자 비스첼리에의 공작인 17세의 알폰소와 혼인시켰다. 보르자의 오빠 체사레가 프랑스의 국왕 루이 12세와 동맹을 맺고, 로마냐에서 군사작전을 감행하자 이는 나폴리를 위협한 행위였기에 그해 8월 알폰소는 로마를 떠났다가 10월에 보르자와 함께 다시 돌아왔다. 1500년 7월 알폰소는 성베드로 성당의 계단에서 4명의 자객들에게 피습을 당했으며, 회복기에 체사레의 심복에게 교살당했다. 이 살인사건으로 인해 그들이 바라던 대로 나폴리 동맹과의 관계는 끝났다.

네피에 가 있던 보르자는 1501년 조반니라는 정체불명의 3세 된 로마 아이와 함께 나타났다. 2통의 교황 칙서는 처음에는 이 아이를 체사레의 서자로, 나중에는 알렉산데르의 서자로 인정했는데 친아버지는 알렉산데르인 듯하다. 바티칸에서 열린 한 유명한 야간 주연에 보르자가 참석한 점과, 보르자가의 근친상간에 대한 소문들이 이 아이의 출생에 대한 의문을 뒷받침해주고 있다. 페라라 공작이자 에르콜레 1세의 아들인 알폰소 데스테는 보르자가에 대한 불미스러운 평판 때문에 한동안 보르자와의 결합을 거부했으나 1501년 12월 30일 마침내 결혼식을 올렸다. 이 혼인은 체사레가 로마냐에서의 지위를 공고히 하려고 마련한 것이었다.

1503년 알렉산데르 6세가 죽자 보르자의 정치적 역할은 끝나고 아름다운 페라라 궁에서 좀더 정상적인 삶을 살게 되었는데, 이곳은 이탈리아 르네상스 시대의 예술과 문학의 중심지가 되었다. 만년에는 종교에 귀의했고 39세의 나이로 세상을 떠났다.