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1817년 디트로이트에서 예비학교로 시작해서 1837년 앤아버로 이전했다. 1841년부터 대학교육을 실시하기 시작하여 지금은 세계적으로 유명한 선구적인 연구 중심 대학교로 손꼽히게 되었다. 1956년 플린트에, 1959년 디어본에 분교가 문을 열었다.

모릴 법에 따라 세워진 랜드 그랜트(land-grant) 학교는 아니지만 1826년과 1836년에 연방정부로부터 무상불하토지를 받았다. 의도적으로 유럽, 특히 독일의 모델을 채택하고 교수교육(teaching education)을 육성하기도 했던 의욕적인 총장인 H. P. 태펀(1852~63)과 J. B. 에인절(1871~1909)의 재임기간에 미시간대학교는 고등교육을 확충하는 데 선구자적 역할을 했다.

앨러게니 산맥 서쪽에서 최초의 의과대학을 설립하여 미국 역사상 처음으로 교육과정을 개설했다. 1868년에는 흑인에게, 1870년에는 여성에게 처음으로 입학을 허가했으며 에인절은 대학교를 재조직하여 모든 주요전문학부와 대학원을 포함시켰다. 그는 또 선택과목을 많이 늘리는 방향으로 교육과정을 변경시켰다.

이 대학교는 여러 단과대학으로 구성되어 있다. 문학대학, 자연과학대학 및 예술대학 등의 단과대학들이 있고 건축·예술·경영학·치의학·교육학·공학·법학·도서관학·의학·음악·천연자원·간호학·약학 및 공중보건과 사회사업에 관한 전문학부가 있다.

특수시설 및 프로그램으로는 사회조사연구소, 조사연구센터, G. R. 포드 대통령 도서관, 피닉스 실험실(2㎿용량의 원자로를 갖춤), 병원단지, 방송국, 우주항공공학연구소, 선박설계 실험용인 저수지 오대호 조사선 및 조사 비행기, 박물관, 미시간과 하와이에 있는 태양연구관측소 등이 있다.