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모악동물문은 동물계 안의 독립된 한 문이다. 즉 비교해부학적·발생학적으로 볼 때 이 동물은 다른 어느 무리와도 연결되지 않는다. 모악동물은 벌레로 간주되어왔고, 또한 이들을 많은 동물무리(환형동물·선형동물·절지동물 등)와 연관시키려는 시도가 있었으며, 한때는 환형동물과 선형동물 사이에 놓여지기도 했다. 그러나 모악동물의 눈 구조는 이들이 극피동물 및 척색동물과 진화적 유연관계가 있을 가능성을 보여준다.
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