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과학사회학·직업론·사회학이론·대중매체 등 여러 분야에 관심을 기울였다.

1936년 하버드대학교에서 박사학위를 받은 뒤 하버드대학교 교수로 있으면서 사회적 적응 유형의 차이에 따른 일탈행동에 관한 이론을 발전시켰다. 이어서 뉴올리언스에 있는 털레인대학교에서 교수생활을 하다가(1939~41) 컬럼비아대학교에 부임하여(1941) 1947년 정교수가 되었으며 1963년 기딩스 강좌 교수가 되었다.

컬럼비아대학교의 응용사회연구소 부소장을 지내는 동안(1942~71) 그보다 1년 먼저 와서 연구소 소장으로 있던 폴 라자스펠드와 함께 일했다. 라자스펠드의 개념 명석화 논리와 질적·양적 조사방법론은 머턴의 역사적 연구 방향에 영향을 미쳤으며 거꾸로 머턴의 이론적 재능은 라자스펠드가 사회학을 철학의 관점에서 파악하는 데 영향을 주었다. 이들은 함께 중요한 연구작업을 하고, 사회과학 연구를 위한 훈련의 질을 높일 여러 방법에 대한 책을 쓰기도 했다.

〈사회이론과 사회구조 Social Theory and Social Structure〉(1949, 개정판 1968)에서 머턴은 사회이론과 경험적 조사연구의 상관관계를 규명하면서 사회연구의 구조기능론적 접근방법을 제시하고 현재적 기능과 잠재적 기능 및 역기능 개념을 창안해냈다.

과학사회학 분야에서 청교도 사상과 과학발전의 관련성을 연구하고 〈17세기 영국의 사회, 과학, 기술 Science, Technology and Society in Seventeenth Century England〉(1938, 재판 1970)·〈과학사회학 The Sociology of Science〉(1973)을 썼다. 그밖의 저서로는 〈대중설득 Mass Persuasion〉(1946, 재판 1971)·〈On the Shoulders of Giants〉(1965)·〈이론적 사회학에 관하여 On Theoretical Sociology〉(1967)·〈사회이론과 기능주의적 분석 Social Theory and Functional Analysis〉(1969)·〈사회적 이중가치에 관하여 Social Ambivalence and Other Essays〉(1976)가 있다.

폴 라자스펠드를 기념하는 논문을 실은 〈질적인 사회조사와 양적인 사회조사 Qualitative and Quantitative Social Research〉(1979)와 〈사회학 연구의 전통 Sociological Traditions from Generation to Generation〉(1980)을 편집했다. 머턴은 컬럼비아대학교에서 라자스펠드와 함께 공동작업자로 활약하면서(1941~76) 많은 학생들에게 영향을 끼쳤다.