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1599년 고아의 대주교 알레익소 데 메네세스가 소집하였다. 이 교회회의는 인도의 그리스도인들이 포르투갈 선교사들에 의하여 이단이라는 의심을 받자 네스토리우스주의, 즉 그리스도가 2가지 본성을 가진 것이 아니라 2가지 인격을 가졌다고 믿는 이단설을 포기하였다.

그런 다음 시리아의 칼데아 총대주교를 인도 관구에서 물러나게 하고 대신 포르투갈인 주교를 그 자리에 앉혔다. 또한 시리아의 '앗대와 마리의 전례서'에 있는 '오류를 제거'하는 한편, 고대 시리아 교회의 전통 대신 라틴 교회의 성직자복, 의식, 관습을 채택하였다. 이렇게 라틴화가 강요되고 이 지역의 전통이 무시되자, 인도인들이 스스로 칭하는 성 토마의 그리스도교도들의 드센 반발이 일어났다.

1653년 그들 대부분은 로마와 결별하였다. 1661년 시리아인 주교 요한 세바스티아니가 취임하고 나서 갈라져 나갔던 사람들 가운데 3/4이 되돌아왔다. 그러나 그 교회는 라틴화된 채로 남았다. 그 교회로 돌아가지 않은 사람들은 시리아 정통(야코부스파) 교회를 세웠다(→ 토마교).