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'자치'(autocephalous)라는 용어는 중세 비잔틴 법에서 문자적 의미대로 '독자적인 지도자를 갖는'(그리스어로 autokephalos), 즉 '독립된'이라는 뜻으로 쓰였으며 교회법에서는 그 지역 수도대주교의 권위에 종속되지 않는 개별교구에 적용된다.

오늘날 동방정교회의 시나이 산 대주교구는 역사적으로 유명한 카타리나 수도원과 함께 이 특권을 누린다.

오늘날 동방정교회 자치교회의 대부분은 국가교회로서 일부만 지역적으로 제한되어 있거나 여러 국가 영토에 두루 걸쳐 있다. 자치교회들은 서로 교회법으로 규정해놓은 관계를 유지하고, 신앙과 성례를 공유한다. 전통적으로 각 교회 사이에 서열이 있어서 콘스탄티노플 세계 총대주교가 가장 높은 지위에 있다. 역사적으로 정치·사회의 변화에 따라 자치교회도 크게 변해왔고, 교인의 수는 비잔틴 황제와 총대주교에 따라 늘기도 줄기도 해왔다. 새 독립교회들을 누가 어떤 방식으로 세우는가 하는 문제는 오늘날 동방정교회에서 여전히 쟁점이 되고 있다.

독립교회 최고 지도자는 다음과 같이 각기 다른 칭호를 지닌다. 콘스탄티노플·알렉산드리아·안티오크·예루살렘·모스크바·조지아·세르비아·루마니아·불가리아에서는 총대주교, 아테네·키프로스에서는 대주교, 폴란드·체코슬로바키아·미국에서는 수도대주교라고 한다.