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도쿄의 우에노[上野] 공원 안에 있다.

예술·역사·과학·기술·박물사 전시물 등으로 이루어진 최초의 소장품들은 1871년에 수집되어 처음에는 임시 소재지에 진열되었다. 이들 소장품들은 대부분 파리 박람회(1867, 1878) 및 빈 박람회(1873)와 같은 국제 박람회 때 일본 전시물이었다.

1882년 소장품들은 우에노 공원의 현 위치로 옮겨졌으며 1886년 궁내성 소관이 되면서 오늘날과 같이 과학과 산업 부문을 제외한 일본의 예술품을 전시하는 역할을 담당하게 되었다. 1889~1900년에는 도쿄 제국박물관이라고 불렸으며 1900~47년에는 도쿄 제실박물관으로, 1947~50년에는 국립박물관으로 불렸다.

1947년부터는 문부성이 관할하고 있다. 원래의 건물 들 중에 효케이칸[表慶館]이 유일하게 1923년의 관동대지진에서 건재했다. 그뒤 박물관 단지내의 대다수 건물들은 제2차 세계대전 이후에 재건되었는데, 1938년에 축조된 다소 동양적인 지붕의 새로운 서양식 건물이 현재 이 박물관 단지내에서 핵심을 이루고 있다.

도쿄 국립박물관은 다양한 일본 예술품들을 소장하고 있는데, 이들 소장품들은 회화·조각·서예·건축모형·철물·칼·도기·칠기·염색 및 직물을 비롯하여 원사시대 유물, 선사시대 유물, 민족지학적 유물, 역사적 유물, 동양의 고고학적 유물, 동양미술 등으로 분류하고 있다.