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1882년 도쿄[東京] 박물관에 의해 설립되었고 1924년 관할권이 도쿄 시로 이관되었다. 도쿄 우에노 지구 13㏊ 부지에 일본식 조경으로 꾸며졌다. 제2차 세계대전중에 크게 파손되었으나 10년 만에 전쟁 전 본래의 모습으로 재건되었다.

20세기말 현대화 계획이 추진되면서 새롭게 코끼리 축사(1968), 고양이과 동물 축사(1974), 수족관(1962)이 세워졌으며, 수족관에는 금붕어·해파리·파충류 등이 특별히 전시되고 있다. 이 동물원에는 약 960종(種), 8,860마리의 동물들이 수용되어 있으며 그 가운데는 희귀한 대형 도롱뇽, 몇몇 희귀한 꿩과 왈라비 등이 포함되어 있다. 이 동물원은 공공교육에 역점을 두고 있으며, 동물원 동물의 사육과 번식에 관한 연구도 활발히 진행되고 있다.

1958년에는 늘어나는 동물들을 수용하기 위해 50㏊의 부지에 자매시설인 다마[多摩] 동물공원을 개장했다. 다마 동물공원의 자랑은 1.6㏊ 규모의 곤충사육장으로, 여기에는 1만 5,000여 마리의 토종곤충을 사육·전시하고 있다. 동물지리학상의 차이에 따라, 즉 특정지역이 원산지인 동물끼리 함께 수용하는 방식에 따라 아시아와 아프리카 동물군에 중점을 두어 전시하고 있으며, 특히 짧고 굽은 뿔을 지닌 오릭스영양과 인도코뿔소를 잘 보호하고 있다. 또한 이 동물원은 일본산양과 두루미의 국제혈통대장이 보관된 곳이기도 하다.