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조세의 우선권을 인정하는 이유는, 조세가 국가 또는 지방자치단체가 공익을 실현하기 위하여 필요불가결한 재원이며, 국가기관의 운영 및 공공사업 등에 지급되는 비용으로 충당되기 때문이다. 이 원칙에 입각하여 국세기본법 제35조는 국세·가산금·체납처분비는 다른 공과금 기타의 채권에 우선하여 징수한다고 규정하고 있다. 그러나 국세의 우선권을 적용함에 있어서 다음과 같은 몇 가지 예외 규정이 있다.

첫째, 지방세 또는 공과금의 체납처분에 있어서 그 체납처분금액 중에서 국세·가산금·체납처분비를 징수하는 경우 그 지방세 또는 공과금의 가산금이나 체납처분비,

둘째, 강제집행·경매 또는 파산절차(破産節次)에 의한 재산의 매각에 있어서 매각 금액 중에서 국세나 가산금 또는 체납처분비를 징수하는 경우의 그 강제집행·경매·파산절차에 소요된 비용,

셋째, 국세의 납부기한으로부터 1년 전에 전세권·질권 또는 저당권의 설정을 등기하거나 등록한 사실이 세법에서 정하는 바에 의하여 증명되는 재산을 매각하는 경우 그 매각금액 중에서 국세 또는 가산금(그 재산에 대하여 부과된 상속세·증여세 및 자산재평가세와 그 가산금을 제외함)을 징수하는 경우의 그 전세권·질권 또는 저당권에 의하여 담보된 채권,

넷째, 주택임대차보호법 제8조가 적용되고 임대차 관계에 있는 주택을 매각함에 있어서 그 매각금액 중에서 국세 또는 가산금을 징수하는 경우에 그 임차인의 소액보증금에 관한 채권,

다섯째, 사용자의 재산을 매각하거나 추심(推尋)함에 있어서 그 매각금액이나 추심금액 중에서 국세 또는 가산금을 징수하는 경우에 노동기본법 제30조의 규정에 의하여 국세 또는 가산금에 우선하여 변제되는 임금·퇴직금·재해보상금·기타 근로관계로 인한 채권 등이다.

국세의 우선권을 적용함에 있어서 국세상호간의 우열관계의 순위는 원칙적으로 같지만 구체적 징수에 있어서는 우열관계가 있다. 즉 국세의 체납처분으로 납세자의 재산을 압류한 경우, 다른 국세·가산금·체납처분비 또는 지방세의 교부청구가 있을 때에는 압류에 관계되는 국세·가산금 또는 체납처분비는 교부청구한 다른 국세·가산금·체납처분비와 지방세에 우선하여 징수하게 된다.

이와 반대로 지방세의 체납처분에 의하여 납세자의 재산을 압류한 경우, 국세·가산금·체납처분비의 교부청구를 한 때에는 교부청구한 국세·가산금과 체납처분비는 압류에 관계되는 지방세의 다음 순위로 징수하고 있다(국세기본법 제36조). 그러나 납세담보물을 매각한 때에는 그 국세·가산금 또는 체납처분비는 매각대금 중에서 다른 국세·가산금·체납처분비와 지방세에 우선하여 징수한다(국제기본법 제37조).