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괴팅겐대학교는 1734년 영국의 조지 2세가 하노버 왕가 선제후의 자격으로 괴팅겐에 게오르크아우구스트괴팅겐대학교라는 이름으로 설립했다. 1737년에 개교했으며, 18세기말에는 독일 낭만주의의 선구자라고 일컫는 시인들의 모임인 괴팅거 하인의 중심지가 되었다. 1837년 '괴팅거 지벤'이라고 불리는 7명의 교수들이 정치적 항의를 했다는 이유로 추방되자 대학의 평판이 떨어졌지만, 19세기말 카를 프리드리히 가우스, P.G.L. 디리힐레트, 베른하르트 리만, 다비트 힐베르트 같은 유명한 학자들이 이 대학 수학연구소의 소장을 맡아 전세계에서 학생들이 몰려들었다. 20세기에는 노벨상 수상자인 막스 보른, 제임스 프랑크, 베르너 하이젠베르크, 막스 폰 라우에 등 현대물리학에서 가장 중요한 발견을 한 학자들이 이 대학 물리학부에서 학생들을 가르쳤다.

2015년 영국 일간지 <타임스 The Times>가 실시하는 THE(Times Higer Education) 세계 대학 순위에서 99위로 선정되었다.

2016년 현재 이 대학에는 공학부, 생물·심리학부, 화학부, 산림·생태학부, 지구·지질학부, 수학·컴퓨터학부, 물리학부, 법학부, 사회학부, 경제학부, 의학부 등 11개 학부가 있다. 대학원 에는 이학, 사회학, 인문학, 산림·농학, 신경과학·생물물리학·분자생물학 등의 과정이 있다. 부속기관 및 시설로 도서관, 미술관, 박물관, 식물원, 의료원 등이 있고, 부설연구소로 분자생명과학연구소, 막스플랑크실험의학연구소, 막스플랑크태양계연구소, 독일우주항공센터 등이 있다. 세계적인 규모를 갖춘 도서관은 4백 30만 권의 장서를 소장하고 있다.

그림 형제와 막스 플랑크를 비롯하여 역사적으로 중요한 많은 인물들이 괴팅겐대학에서 수학하거나 교수로 재직했다. 괴팅겐대학교 출신 주요 인물로는 이론물리학자 베르너 하이젠베르크와 로버트 오펜하이머, 수학자 리하르트 쿠란트와 카를 프리드리히 가우스, 제7대 독일연방공화국 총리를 지낸 게르하르트 슈뢰더 등이 있다.