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장교의 아들로 태어나 1856년 부모의 반대를 무릅쓰고 브레스트의 해군학교에 입학했다.

교육과정을 마친 뒤 해군소위로 임관한 그는 1860년 프랑스 원정군을 조직해 중국으로 향했고, 1861년에는 레오나르 샤르네 해군대장과 함께 사이공으로 가서 치호아 전투에 참전했다. 이 전투는 남(南)코친차이나로 진격한 프랑스군에 대항하는 베트남인들의 마지막 저항이었다. 1863년 해군 계급을 그대로 가진 채 코친차이나의 신식민지행정부에 참여해 사이공에 버금가는 초롱 시의 지사로 임명되었다.

제국주의를 프랑스의 운명이라고 확고히 믿었던 가르니에는 베트남에 프랑스의 국력을 팽창해야 한다고 역설했고 메콩 강을 탐사하면 많은 상업적 이익을 얻게 될 것이라는 주장도 했다.

그의 이 주장이 받아들여져 두다르 드 라그레가 이끌었던 프랑스 탐험대가 가르니에를 부부대장으로 삼고 1866년 6월 사이공을 떠나 메콩 강 탐사에 나섰다. 그러나 그들은 상업적 이익도 얻지 못했을 뿐만 아니라 메콩 강은 어떤 크기의 선박으로도 항해할 수 없다는 사실도 알게 되었다. 라그레가 병으로 죽는 등 고난을 겪었지만 탐험가들은 미지의 땅을 조사해 지도를 만드는 중요한 임무를 완수했다.

또한 그들은 유럽인으로서는 최초로 남방항로를 통해 윈난 성[雲南省]으로 들어가기도 했다. 가르니에는 1868년 6월 라그레가 죽은 뒤 탐험을 끝낼 때까지 3개월간 지휘를 맡은 공로로 여러 개의 훈장을 받았다.

프랑스 - 프로이센 전쟁이 발발했을 때 프랑스에서 메콩 강 탐사보고서의 출판을 관장하고 있었던 가르니에는 파리 포위공격 기간에 공훈을 세웠지만 프랑스에 강요된 평화협정을 공식적으로 비판했기 때문에 승진에서 탈락했다. 이러한 사태에 실망하고 있던 그는 메콩 강 탐험에서 라그레가 담당했던 역할을 그가 훼손시켰다는 소문이 나자 분개하여 마침내 탐험을 상업적 성공과 결합시킬 목적으로 중국을 향해 떠났다.

1873년 8월 그는 상하이에서 사이공으로 소환되었다.

당시 코친차이나의 프랑스 행정관 마리 쥘르 뒤프레는 중국과 교역하기 위해 프랑스 무역상 장 뒤퓌의 비공식적인 시도를 통해 송코이 강(Red River)을 개방하려고 했다. 한편 가르니에는 베트남 북부 하노이 지역으로부터 뒤퓌를 유리시키도록 뒤프레에게 요구했지만, 오히려 그 지역에서 프랑스 지위를 높이라는 뒤프레의 비밀명령을 받았다.

이와 같은 계획은 프랑스의 정책에 어긋나는 것이었지만 뒤프레와 가르니에는 그 지역을 성공적으로 점령해 결국 파리 정부의 승인을 얻게 될 것이라고 믿었다.

가르니에는 1873년 11월 5일 하노이에 도착해 베트남 관료들과 정면대결을 시작했다. 11월 20일 무장이 잘 된 소규모 군대를 이끌고 하노이 성채를 공격해 수적으로 우세한 베트남 군대를 이겼고, 그뒤에도 계속 공격을 시도해 송코이 강 삼각주의 여러 곳을 점령했다.

그러나 12월 중순경 베트남 정부는 류융푸가 이끄는 중국 흑기군(黑旗軍)에 협력을 요청했고, 마침내 1873년 12월 21일 가르니에는 하노이 성채를 공격해 온 흑기군을 격퇴하려다가 전사했다. 뒤프레 행정관은 그의 행동에 대한 책임을 부인했으며, 프랑스 공사 폴 루이 펠리는 뒤퓌와 다른 사람들이 반대했지만 1874년초 북부 베트남에서 철수하기로 결정했다.

다혈질이고 고집이 센 가르니에는 아시아에서의 프랑스의 역할을 국수주의적 관점으로 파악하고 있었는데, 이는 당시 많은 사람들에게 호소력을 가졌다.

또한 그는 항해사·지도학자로서 기량을 갖추고 있었으며 역사·언어·일반과학 등의 분야에서도 업적을 남겼다. 그가 쓴 메콩 강 탐사보고서 〈인도차이나에서의 탐험항해 Voyage d'exploration en Indo-Chine, 1866~68〉(1873)는 매우 가치있는 기록으로 1860년대 탐험가들이 거쳐왔던 나라들의 정치·경제적 상황을 보여준다.