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사전에 개인 정보를 등록한 뒤 이를 활용하여 출입국심사를 자동으로 진행하는 시스템. 심사관의 대면심사를 생략하고 자동출입국 심사대를 이용해 짧은 시간에 출입국 심사를 마칠 수 있는 편리한 제도이다. 홍콩, 네덜란드, 미국, 오스트레일리아 등 세계 약 40개 국가에서 자동출입국심사를 이용하고 있다. 한국에서는 2008년 6월부터 시행했으며, 2015년 2월 기준 228만 명이 등록하여 사용하고 있다. 자동출입국심사를 위해서는 사전에 여권정보와 지문, 안면 인식 등의 바이오정보를 등록하여야 한다.

자동출입국심사의 이용 대상은 주민등록증을 발급받은 한국 국민과 복수 재입국허가를 받았거나 협정에 따라 허가가 면제되는 체류 자격을 지닌 등록외국인이다. 주민등록증이 없는 만 14세 이상 17세 미만의 국민으로 부모의 동의를 받고 부모와 동반하는 경우도 가족관계서류를 제출하여 이용이 가능하다. 등록센터를 방문할 때에는 주민등록증, 외국인등록증, 여권자동판독이 가능한 복수여권을 소지하고 있어야 한다.

자동출입국심사를 이용할 때에는 여권의 인적사항면을 판독기에 올려놓고, 자동문이 열리면 게이트 안으로 들어간다. 안쪽에 있는 지문인식기에 등록한 손가락을 올려 지문인식 본인인증을 진행하고, 안면인식을 위해서는 카메라를 정면으로 보아 본인 인증을 완료한다. 심사가 끝나고 자동문이 열리면 출구로 나간다. 출입국 심사관의 대면 심사를 받기 위해 줄을 서서 기다려야 하는 불편함이 없어 편리하다.

자동출입국심사 등록은 국내 대부분의 공항과 항만의 출입국사무소, 도심공항에서 가능하며, 자동출입국심사를 통해 출입국이 가능한 공항이나 항만은 인천국제공항, 김포국제공항, 김해국제공항, 제주국제공항, 인천항 국제선 여객터미널, 청주국제공항이다.