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2001년 1월 29일 교육부가 교육인적자원부로 바뀌고 한완상(韓完相) 초대 부총리가 취임했으며 교육인적자원부는 각 부처에 분산돼 있는 인적자원 개발기능을 총괄, 조정하는 역할을 하게 됐다. 교육인적자원부의 약칭은 ‘교육부’, 영문 이름은 ‘Ministry Of Education & Human Resources Development’, 영문약칭은 ‘MOEHRD’이다.

2002년 1월 30일 이상주(李相周) 전 청와대 비서실장이 제2대 부총리로 취임했으나 참여정부가 출범하면서 2003년 3월 7일 윤덕홍(尹德弘) 전 대구대 총장이 제3대 및 참여정부 초대 부총리로 임명됐다. 이어 12월 24일 안병영(安秉永) 연세대 교수가 교육행정정보시스템(NEIS) 파동에 따른 교단갈등과 수능시험 복수정답 인정 등의 책임을 지고 사임한 윤 부총리의 뒤를 이어 제4대 부총리에 임명돼, 사교육비 경감 대책의 일환으로 EBS 수능강의를 성공적으로 추진했다.

제5대 부총리로 2005년 1월 5일 이기준(李基俊) 전 서울대 총장이 임명돼 취임했으나 총장 재임시절의 도덕성 및 자녀 병역 시비 등으로 인해 ‘5일’이라는 최단명 교육부 장관이 됐다. 20여 일의 교육부 수장 공백 끝에 제6대 교육부총리로 김진표(金振杓) 열린우리당 의원이 임명돼 1월 28일 취임했다. 김 부총리는 경제관료로 재정경제부 차관과 부총리 겸 재경부 장관을 거쳐 국무조정실장과 청와대수석을 지낸 경제통이다.

공교육 내실화와 교육복지 확대, 지역ㆍ계층 간 교육격차 해소, 이공계 대학교육의 질적 제고와 경쟁력 강화, 대학의 강도 높은 구조조정을 통한 국가 경쟁력 제고 등을 중점과제로 추진했으나 2006년 상반기 발생한 대규모 급식사고 및 외국어고 모집제한 논란 등의 책임을 지고 1년 6개월 만인 2006년 6월 30일 사의를 표명했다. 후임 부총리로는 청와대 정책실장 출신의 김병준 씨가 임명됐으나 취임하자마자 과거 제자의 논문을 표절했다는 의혹이 불거지면서 결국 취임 13일 만 인 2006년 8월 2일 사의를 표명, 역대 교육부 장관 가운데 두 번째로 단명한 장관으로 남게 됐다.

잇따른 교육수장 교체로 혼란을 겪던 교육부는 한 달여 만인 2006년 9월 20일 교육학자 출신의 김신일 부총리를 후임 수장으로 맞았다.

학교 자율화 단계별 이행과제

1단계 즉시폐지 지침(29건)

• 수준별 이동수업 내실화 방안

• 종교교육 교육과정 지도철저

• 학업성적관리 종합대책

• 실업계고 현장실습 운영 정상화 방안

• 학교홈페이지 구축운영 지침

• 학생정보소양 인증제 시행계획

• 계기 교육 수업내용 지도 지침

• 학사(수업 및 일과 운영)지도 지침

• 방과후학교 운영계획

• 초등학교 어린이신문 구독

• 학습부교 선정지침

• 사설모의고사 참여금지 지침

• 수능이후교육과정 운영 내실화 방안

• 독서논술교육 활성화 계획

• 교과교육연구활동 운영지원계획

• 초중고 재량휴업활성화 방안

• 교육과정운영 기본계획

• 초중등 주요 업무계획

• 촌지 안주고 안받기운동 계획

• 학교체육 기본방향

• 학교안전교육 활성화 방안

• 교복 공동구매지침

• 황사 피해방지 종합대책

• 학교안전교육 계획

• 학생 봉사활동 운영 지침

• 교육공무원 육아휴직처리 지침

• 계약제 교원 운영 지침

• 교원연수운영 기본계획

• 교원의 대학원수강 관련 행정처리요령

2단계 6월중 법령 정비(13건)

• 초ㆍ중등학교 학교규칙 제정 인가

• 타시도 인사교류

• 교장임명(신규 및 승진 임용)

• 학교급별 교원 배치기준

• 시도교육청 국장이상 장학관, 연수기관의장 임용권

• 초중등학교 보직교사 배치기준

• 시도교육청 소속 연수기관 설폐권

• 장관의 학교 평가권한

• 연구학교 지정 운영

• 유치원 운영실태 평가

• 국립유치원 장학지도

• 장학지도 실시

• 도서벽지 교육기관 지정ㆍ해제

3단계 7월 이후 단계적 개선

• 초ㆍ중등생 조기유학 허용, 지방 특목교 설립 자율화 등 관계부처와 협의 조정이 필요한 사안들

그러나 김 부총리 역시 취임 기간 중 3불 정책, 학생부 반영비율 확대, 특목고 존폐 논란 등으로 일선 교육현장과 마찰을 겪다 로스쿨 예비인가 대학 선정 과정에서의 논란에 대한 책임을 지고 결국 1년 4개월여 만인 2008년 2월 5일 사퇴하게 됐다.

이명박 정부가 출범하면서 옛 교육부와 과기부가 통합해 새로 태어난 교육과학기술부의 첫 수장으로는 김도연 서울대 공대 교수가 임명됐다. 2008년 2월 29일 취임한 김 장관은 대학 교수이면서 이공계 분야 학자로서 교육과 과학의 ‘하모니’를 이뤄낼 적임자로 평가받았으나 ‘특별교부금 부당 지원’ 파문이 터지면서 취임 5개월 만에 물러나고 말았다. 김 장관의 뒤를 이어 이명박 정부의 두 번째 교과부 장관으로 안병만 한국외대 총장이 8월 6일 취임, 지금까지 장관직을 수행해 오고 있다.

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