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실질적인 권한은 남편인 펠리페 1세와 아버지 페르난도 2세, 그리고 아들인 신성 로마 황제 카를 5세(스페인의 카를로스 1세)가 행사했다.

아라곤의 페르난도 2세와 카스티야의 이사벨 1세 사이에서 3번째 아이로 태어나 1500년 오빠와 언니가 죽자 왕위 계승자가 되었다. 대 프랑스 동맹을 확고히 하려는 페르난도 2세의 정책의 일환으로 후아나는 막시밀리안 황제의 아들인 부르고뉴의 필리프와 결혼해 2명의 아들과 4명의 딸을 낳았다. 1500년에 태어난 카를로스는 신성 로마 제국 황제(카를 5세)이자 스페인 왕이 되었고 페르난도는 카를로스의 부관이자 제위 계승자가 되었다.

딸들도 모두 왕비의 자리에 올랐다. 엘레아노르는 포르투갈의 마누엘 1세와, 이사벨은 덴마크의 크리스티안 2세와, 마리아는 헝가리의 로요슈 2세와, 카탈리나는 포르투갈의 주안 3세와 결혼했다.

1502년 후아나는 정신이상 증세를 보여, 남편이 부정한 짓을 저질렀다고 엉뚱한 질투를 했다(남편의 부정은 뒤에 사실로 밝혀졌음). 어머니가 죽자 남편과 함께 카스티야로 돌아온 후아나는 아라곤으로 은퇴한 아버지 대신 섭정을 시작했다. 그러나 남편의 갑작스런 죽음(1506. 9. 25)으로 충격을 받아 우울증이 극도로 심해졌으며 남편의 시신에서 떠나려 하지 않았다. 아버지인 페르난도는 다시 돌아와 섭정을 이어받았고 1509년부터 후아나는 토르데시야스에서 보호를 받으며 지냈다.

페르난도가 죽자 네덜란드에서 지내고 있던 아들 카를로스가 돌아왔다. 카를로스는 권력을 장악하기에 앞서 어머니가 통치를 할 수 없는 상태임을 확인했다. 후아나는 카를로스가 왕으로 있는 동안 법적으로는 여전히 스페인 여왕의 자리에 있었다.