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분지계통학파의 주요창시자이다.

분지계통학파에 따르면 분류는 가능한 한 전적으로 계통관계를 반영해야 한다. 실제로 생물체는 공동조상으로부터 나온 역사적 순서에 기초해 분류된다. 이 분지계통학의 관점은 계통뿐 아니라 유전적인 친화성에 기초한 전통적인 진화계통학의 관점과도 매우 다르다.

헤니히는 이런 새로운 관점의 기초 개념들을 〈분지계통학 Grundzüge einer Theorie des phylogenetischen Systematik〉(1950, 영역 1979)에 명시했고, 생물학의 방법과 목적을 고생물학·지질학·생물지리학의 그것과 융합시키려 했다.

1947년 라이프치히대학교에서 동물학박사학위를 받았고, 그후 동베를린 독일곤충연구소에서 파리목의 유충에 관해 광범위하게 연구했다. 이 연구결과를 모노그래프인 〈파리목의 유충 Larvenformen der Dipteren〉(1952)에 실었는데, 이것은 이 분야의 표준문헌이 되었다. 파리목에 관한 그의 연구는 후에 그 범위가 뉴질랜드에 서식하는 파리목의 다른 종(種)에까지 확장되었는데, 이는 생물지리학적 사실에 분지계통학의 원리를 적용시키는 기회가 되었다.

1949년부터 독일곤충연구소 계통곤충학실 실장으로 있다가 1961년 베를린 장벽의 설치에 항의하면서 사임했다. 서독으로 망명한 지 2년 후 슈투트가르트 주립자연사박물관의 계통학 연구책임자가 되었다.