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빌헬름 헤니히가 1950년에 독일어로 된 책을 저술함으로써 시작되었으나, 1966년 개정판과 함께 영어 번역본이 나온 후에 많은 계통분류학자들에게 알려지게 되었다. 분지계통학의 목표는 단일계통군들 사이의 혈통적 유연관계를 나타내는 검증 가능한 가설을 만들어내는 것이다. 결과로 나타나는 계통수를 계통적수상도라 부르며, 혈통 또는 조상과 후손의 관계를 나타낸다.

분지(cladogenesis)는 생물학적 의미로는 한 종(種)이 둘 또는 그 이상의 종으로 분지하는 것을 뜻한다. 따라서 이렇게 분지해가는 과정을 통해서 혈통적 유연관계(조상-후손)를 산출해내는 것이다.

분지계통학자들은 원시형질(primitive character) 대(對) 파생형질(derived character)이라는 형질 상태의 개념에 전적으로 의존한다. 그들은 이들 형질의 상동성(homology)을 엄격한 의미에서 근거리형질(plesiomorphy)과 원거리형질(apomorphy)로 동정하며, 여기서 근거리와 원거리란 각기 조상으로부터 가깝고, 멀다는 것을 의미한다. 둘 또는 그 이상의 종들 또는 다른 분류군 사이에 공유된 원거리형질을 공유원거리형질이라고 하며, 공유원거리형질 또는 공유파생형질(shared derived character)을 파악해 나가는 것이 가까운 혈통적 유연관계를 알아내는 분지론자의 가장 강력한 수단이다.

그러나 특정 분류군에 있어서 어떤 것이 원시형질이고 어떤 것이 파생형질인지를 결정하는 것은 대단히 어려운 일이다.

분지분석은 ① 연구대상 생물들 사이의 상동형질들을 찾아내는 것, ② 형질의 변화 또는 진화(형질의 상태와 구성의 분석)의 방향을 결정하는 것, ③ 분석된 형질 중에서 공유파생형질을 소유하는 분류군들의 계통적수상도를 작성하는 것 등으로 구성된다.