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300년경 프랑스령 폴리네시아의 마르키즈 제도에 통가와 사모아에서 온 폴리네시아 사람들이 정착한 것으로 여겨지는데, 이들은 마르키즈 제도에서부터 현재 프랑스령 폴리네시아의 나머지 제도로 흩어졌다.

페르난두 마젤란은 1521년 투아모투 제도에 있는 푸카푸카를 발견했다. 제임스 쿡 선장의 첫 항해(1769) 동안 탐험대의 후원단체인 영국왕립협회의 이름을 따서 소시에테 제도로 명명되었다.

18세기말 영국 군함 바운티호가 프랑스령 폴리네시아의 해상에서 항해를 했다. 소시에테 제도의 역사는 거의 타히티의 역사로 이루어져 있다. 그리스도교 선교단이 1979년 이 섬에 도착한 뒤 1815년에 타히티의 추장 포마레 2세가 그리스도교로 개종하면서 그들의 노고에 대한 보상으로 타히티는 1842년 프랑스의 보호령이 되었고, 1880년 프랑스의 식민지가 되었다(→ 선교, 프랑스사). 갬비어 제도는 1844년 프랑스 보호령, 1881년 프랑스 식민지가 되었고, 리마타라와 루루투는 1889년에 프랑스 보호령, 1900년에 프랑스의 식민지가 되었다. 투아모투 제도는 1847년 타히티의 보호령이 되었고, 1880년 식민지가 되었다. 마르키즈 제도의 추장들은 1842년 프랑스에 통치권을 양도했다.

프랑스령 폴리네시아는 원래 행정상 오세아니아의 프랑스 식민지에 속했으나 제2차 세계대전 후에 프랑스의 해외준주가 되었다. 포우바나 아 우파의 지도하에 자치주의 당인 타히티 인민민주주의 의회는 1953, 1957년에 다수당이 되었다. 포우바나는 1960년 프랑스 당국에 의해 체포되어 추방당했다. 1960, 1970년대 자치국가를 이루려는 운동이 장 테리키와 프랑수아 상포르의 지도하에 계속되었다. 포우바나는 1971년 석방된 뒤 이 지역을 대표하는 프랑스 상원의원이 되었다.

1963년 프랑스는 피라에·파페에테에 본부를 두고 투아모투 제도의 하오에 지부를 둔 태평양 실험 센터를 세웠다. 1966년 무라로아 환초에서 핵실험이 시작되었다. 이 환초와 팡가타우파 환초는 1964년 지방의회의 결정으로 프랑스에 이양되었다. 1975년 전세계의 반대로 프랑스는 더이상 팡가타우파에서 비밀리에 핵실험을 계속할 수 없게 되었다. 1970년대말까지 자치운동은 계속되었고, 1977년 프랑스 국회는 이곳에 부분적인 자치권을 허용했다.