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펩타이드에는 여러 가지의 호르몬, 항생제와 생물체의 물질대사과정에 관여하는 여러 화합물들이 포함된다. 펩타이드는 2개 이상의 아미노산으로 구성되어 있으며, 이때 각 아미노산의 카복실기와 다른 아미노산의 아미노기가 아마이드를 형성하면서 결합된다. 각 아마이드기의 탄소원자와 질소원자 사이의 화학결합을 펩타이드 결합이라고 한다.

분자의 사슬에서 연속적으로 원자들이 삼중으로 연결된 펩타이드 결합들은 화합물의 부분적인 또는 완전한 가수분해에 의해 절단될 수 있다. 이 반응으로 작은 펩타이드나 아미노산을 형성하므로 보통 펩타이드와 단백질의 조성과 구조를 연구하는 데 이용된다. 펩타이드에 존재하는 아미노산의 분자수는 접두사에 의해 표시된다.

다이펩타이드는 2개의 아미노산을 함유하고, 옥타펩타이드는 8개, 올리고펩타이드는 소수, 폴리펩타이드는 다수의 아미노산을 함유한다. 폴리펩타이드와 단백질의 구별은 뚜렷하지 않고 다분히 학술적이다. 폴리펩타이드는 보통 100여 개의 아미노산으로 구성되어 있는, 분자량이 1미만인 경우까지를 말한다.