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과학의 후원자였으며 그의 통치는 로마에 도움이 되었다.

형제가 10남매였는데, 1621년 아버지 코시모 2세가 죽자 할머니인 로렌의 크리스티나와 어머니인 오스트리아의 마리아 마크달레나가 섭정으로 지명되었다. 어린 페르디난도는 공부를 마치기 위해 로마와 빈으로 갔고 토스카나 정부는 질투심 많고 다투기를 좋아하는 두 사람의 손에 들어갔다. 그리하여 사법과 재정의 운용은 급속하게 엉망이 되었다. 그들은 새로운 토스카나 귀족들에게 엄청난 특권을 부여했고 귀족들은 점점 오만해졌다. 두 사람은 자체의 독립적인 회계에 따라 거래한다는 메디치 가문의 오랜 관행을 재개했다. 그 결과 많은 수익을 거두지도 못하면서 민간기업에 큰 피해를 입혔다.

17세 때인 1627년에 페르디난도는 이탈리아로 돌아와 정부의 통제권을 떠맡았다. 그러나 매우 온화한 성품이었기 때문에 섭정자 및 형제들과 권력을 나누기로 결정하여 여러 문제들을 각각 서로 거의 독립되어 있는 것처럼 처리했다. 그는 최대한의 선의를 가지고 행동함으로써 주민들의 사랑을 얻었다.

1630년 피렌체와 토스카나에 전염병이 돌았을 때 그는 존경할 만한 용기를 보여주었으며 많은 유용한 조처를 취했다. 그러나 그는 정치가로서는 완전히 무기력했다. 만토바 계승전쟁(1628~31)과 그뒤 30년전쟁에서 프랑스와 스페인이 대립했을 때, 스페인의 압력에도 불구하고 중립을 지키려고 획책했다. 반면 로마 교황과의 관계는 불행했다. 교황 우르바노 8세는 교황령에 우르비노를 합병함으로써, 페르디난도가 1634년에 전 우르비노 공작의 상속인인 비토리아 델라 로베레와 결혼했을 때 자유보유 부동산 이상의 재산을 아무것도 차지하지 못하게 했다(우르비노에서는 많은 보물이 세습되어 왔음). 그리고 그는 카스트로 전쟁(1642~44) 때 우르바노에게 대항하여 처남인 파르마 공작 오도아르도 파르네세를 지원하기 위하여 베네치아·모데나와 동맹을 맺고, 1643년 페루자 부근 몬조비노에서 승리를 거두었지만 평화조약에서는 아무런 이득도 보지 못했다.

매우 종교적이고 금욕적이었던 페르디난도 2세는 자신의 보호를 받고 있던 스승 갈릴레오에 대한 종교재판소의 처리를 인정함으로써 비난받았다(1633). 그러나 그는 과학에 계속적인 관심을 가졌으며, 형제인 레오폴도(뒤의 추기경)를 격려해 피렌체의 아카데미아 델 치멘토를 창설하게 했으며, 전국의 과학자들에게도 편의를 제공했다.