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1835년 볼리비아의 독재자 안드레스 산타 크루스는 페루의 루이스 호세 데 오르베고소 대통령을 도와 페루군의 반란을 진압한 뒤 페루를 점령했다. 산타 크루스는 페루를 북부와 남부로 분할해 북부는 오르베고소 대통령이 관할하고 남부는 라몬 에레라 장군이 관할하도록 했다. 그러나 두 지역은 곧 볼리비아에 합쳐졌고, 호세 미겔 데 벨라스코 장군이 이들 지역의 대통령이 되었다.

산타 크루스는 연방의 '보호자'라는 종신세습 지위에 올랐다. 그는 이미 볼리비아에서 유능한 통치력을 보였기 때문에 페루인들은 영향력 있는 그의 통치를 환영했다.

영국·프랑스·미국은 이 연방을 승인했으나 남아메리카의 이웃 국가들은 새로 나타난 이 강력한 국가를 두려워하며 반대했다. 1836년 연방과 칠레 사이에 충돌이 벌어졌다. 이미 칠레는 페루가 연방에 편입되기 전부터 자국 항구인 발파라이소와 페루의 카야오(리마 근처) 사이의 경쟁 관계로 빚어진 경제적 문제로 인해 페루와의 관계가 좋지 못했다.

1837년 산타 크루스의 군대는 그를 전복시키기 위해 파견된 아르헨티나 군대를 물리쳤다. 칠레는 산타 크루스에 반대하는 페루인들과 힘을 합쳐 전투를 계속하다가 마침내 1839년 1월 20일 마누엘 불네스 장군의 지휘 아래 융가이(페루의 앙카시 주에 있음) 전투에서 연방군을 물리쳤다. 이 전투의 패배로 연방은 곧 해체되고 산타 크루스는 망명길에 올랐다. 새로운 페루 대통령이 된 아구스틴 가아라는 볼리비아를 페루에 복속시키려는 시도를 했지만 1841년 전사함으로써 계획이 무산되었고, 이후 페루와 볼리비아는 내부적인 갈등과 혼란의 시대로 접어들었다.