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콜로라도에 있는 파이크스 봉은 그의 이름을 딴 것이다. 1805년 육군 중위로서 20명의 탐험대를 이끌고 미시시피 강의 상류를 거슬러 올라갔다. 그가 맡은 임무는 강이 시작되는 곳이 어디인지 알아내고, 인디언 부족들과 평화협상을 벌여 그 지역에 대한 미국의 법적인 권리를 강력히 주장하는 것이었다.

파이크는 미주리의 세인트루이스를 떠나 배와 도보로 3,200㎞를 여행해 미네소타 북부에 있는 리치 호와 샌디 호에 도착했다. 그는 미시시피 강이 리치 호에서 발원한다고 생각했으나 뒤에 그렇지 않다는 것이 밝혀졌다.

1806년 아칸소 강과 레드 강을 탐험하는 동시에 인접한 스페인 영토에 대한 정보를 입수하라는 명령을 받고 남서부로 파견되어 콜로라도의 푸에블로 근처에 전초지를 마련했다. 일행을 이끌고 북서부를 향해 가다가 로키 산맥에 속한 프런트 산맥에 도달한 그는 뒷날 파이크스 봉으로 이름 붙여진 한 봉우리의 높이를 재려 했으나 실패하고 남쪽으로 방향을 돌려 뉴멕시코 북부에 이르렀다. 그러나 이곳에서 이들은 뉴멕시코에 불법적으로 들어온 죄로 스페인 관리에게 체포되었다가, 텍사스를 지나 스페인과 미국의 국경인 루이지애나의 내커타시까지 호송된 뒤 1807년 1월 1일 풀려났다.

샌타페이에 대한 파이크의 보고로 인해 미국 영토를 텍사스까지 넓히려는 운동은 큰 자극을 받았다.

파이크의 보고서가 주목을 끌게 된 이유는 샌타페이의 방어가 취약하며 멕시코와의 육로를 이용한 무역이 이윤을 많이 남긴다고 썼기 때문이다. 파이크는 1812년 미·영 전쟁에 참전해 준장으로 진급했으나 요크 공격중 전사했다.