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대립교황인 테오도루스와 정통교황인 세르기우스 1세 모두에게 대립했다. 687년 9월 교황 코논이 죽은 뒤 로마 사람들은 대부제 파스칼리스와 대사제 테오도루스 두 사람을 교황으로 선출했다. 양쪽 진영이 아무런 합의를 이끌어내지 못하고 두 당선자 역시 포기하려 들지 않는 상황에서, 고위성직자들은 로마 군대의 지지를 받아 사제 세르기우스를 교황으로 선출했다.

세르기우스를 지지한 사람들 가운데는 파스칼리스의 후원자이자 라벤나 주재의 황제 대리자인 요한네스 플라티누스가 있었는데, 그는 처음에 파스칼리스에게 뇌물을 받고 그를 교황으로 임명하고서 세르기우스에게 황금을 뇌물로 받은 뒤 687년 12월 15일 그를 교황으로 축성했다. 테오도루스는 교황직을 포기했으나, 파스칼리스는 끝까지 거부하다가 폐위당했고, 죽을 때까지 수도원에 감금당했다.