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갑상선에 관한 연구로 1909년 노벨 생리학·의학상을 수상했다. 베른대학교에서 외과학교수로 재직하는 동안(1872~1917) 코허는 갑상선종을 치료하기 위해서 갑상선 절제수술을 한 최초의 의사가 되었다(1876). 1883년 그는 갑상선을 전부 떼버린 환자에게서는 크레틴병 환자와 비슷한 특징이 나타나지만, 갑상선의 일부분이라도 남겨 두면 병리적인 징후가 일시적으로만 나타난다는 것을 발표했다.

1912년까지 5,000회에 걸쳐 갑상선 절제술을 시술했고, 이 외과술로 사망률을 18％에서 0.5％ 이하로 낮추었다. 그가 기여한 다른 외과적인 업적으로는 어깨의 탈구를 줄이는 방법, 위·폐·혀·뇌신경 수술 및 탈장 교정수술방법의 개량 등이 있다. 외과수술에서 그는 조지프 리스터가 도입한 전면무균법의 원칙을 채택했다.

코허는 그밖에도 많은 새로운 외과술과 기구·장치 등을 고안했으며, 그의 이름을 붙인 겸자와 절개술은 지금도 일반적으로 사용되고 있다. 그가 쓴 외과수술 교과서인 〈외과수술학 Chirurgische Operationslehre〉(1892)은 판을 거듭하며 여러 나라에서 출판되었다.