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메디치 가문이 4세기동안 종사해오던 금융과 상업활동에 종지부를 찍었다.

아버지 페르디난도 1세의 뒤를 이어 1609년 토스카나 대공이 되었다. 어머니인 로렌의 크리스탄과 벨리사리오 빈타의 지도를 받으면서 페르디난도 1세의 노선을 답습, 프랑스와 스페인의 세력균형에 주력했다. 자신의 영향력을 이용해 1611~12년 프랑스와 스페인 간의 협상을 추진했으며 이 협상의 결과로 양측간 혼사가 이루어졌다(루이 13세와 오스트리아의 안네, 그리고 장차 스페인의 펠리페 4세로 즉위할 인물과 프랑스의 엘리자베트 사이의 혼인). 자코포 잉기라미 제독과 줄리오 디 몬타우토 제독 등이 지휘하던 그의 함대는 지중해에서 투르크의 진출을 차단했다. 또 드루즈의 족장 파크르 아드딘과 우호적인 관계를 맺음으로써 레반트(동부 지중해 연안 제국)에서 토스카나의 상업적 이익을 확보했다.

1610년 피사에 '철학과 수학의 초대 교수'로 갈릴레오를 임명한 것이 바로 코시모 2세 자신이었는데 같은 해 갈릴레오는 목성 주위에 있는 4개의 위성을 발견했으며 이들 위성의 이름을 메디체아 시데라라고 지었다. 코시모 2세의 후원을 받은 건축가 마테오 니제티는 메디치가의 장례식 교회 건물을 지었으며(이 건물은 코시모 1세의 서자인 소[小]조반니가 설계했는데, 뛰어난 재주를 가진 조반니는 군인과 외교관으로도 명성을 날렸음), 조각가 피에트로 타카는 페르디난도 1세를 기념하는 청동상을 조각했다. 한편 코시모는 가문의 모든 금융 및 상업활동을 자진하여 포기했는데 이같은 조치를 취한 까닭은 금융과 상업활동이 가문의 정치적 역할수행에 방해가 되고 또한 품위를 손상시킨다고 여겼기 때문이었다.