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4·19혁명 직후 대한교원조합연합회가 일시적으로 조직되었으나 1961년 5·16군사정변으로 불법화되었으며, 이 사건 이후 28년 만에 노동조합단체의 형태로 새로 조직되었다.

그 동안은 대한교육연합회(지금의 한국교원단체총연합회)만이 유일한 교사단체로 인정되어 교사들의 노동조합은 물론이고 어떠한 다른 교사단체도 공식적인 활동을 하지 못했다. 유신체제 아래 학교교육이 정치권력에 의해 통제되고 입시에 편중되며, 학교조직이 관료화되는 등 교육문제가 누적됨에 따라 1980년대 들어서는 교사들이 소모임을 만들거나 여타 사회운동조직과 관련을 맺는 현상이 생겨나게 되었다.

1981년 8월의 아람회사건, 1981년 9월의 부림사건, 1982년 12월의 오송회사건, 1983년 11월의 교과서분석사건 등은 교사들의 소모임활동의 결과들이다. 사회단체를 통한 교사들의 활동으로는 대한기독교청년회연맹(YMCA) 초등교육자협회, YMCA 중등교육자협회, 대한여자기독교청년회연합회(YWCA) 사우회, 흥사단 교육문화연구회 등이 있었다. 1986년 5월 10일에는 이들 교사모임을 중심으로 교육민주화선언이 발표되었고, 1987년 6·29선언 직후인 9월 27일에는 소규모 교사단체를 통합한 전국 규모의 교사협의회로 민주교육추진 전국교사협의회(약칭 전교협)를 창립했다.

전교협은 공식적인 교사단체가 아니었기 때문에 1988년 하반기에 교육법 개정을 요구했으나 인정받지 못했고, 이후 전국 규모의 공식적인 교사단체를 조직하기 위한 노력은 1989년 5월 28일 '민족 민주 인간화 교육'을 기치로 내걸고 전국교직원노동조합(약칭 전교조)의 결성으로 이어졌다.

전교조는 교사의 기본적 권익 옹호, 민주교육 발전에의 기여, 참교육 실현을 목적으로 내걸고 있다.

주요 활동으로는 교사들의 근무조건 개선 및 조직강화에 관한 활동, 교육환경 및 교육제도 개선을 위한 활동, 교육의 민주화와 자주성 확립을 위한 활동, 노동3권의 완전보장 등 교육관계법의 개정을 위한 활동, 참교육 실천활동 등을 설정하고 있다. 결성 당시 정부는 전교조를 현행법을 위반한 불법단체로 규정해 교원조합의 결성을 무효화하고 관련교사를 구속·파면·해임 조치했다. 이 때문에 전교조는 본래의 목적과 관련된 활동을 시작하기도 전에 합법성을 인정받기 위한 정치활동에 주력하게 되었다.

1993년 1월 당시 이 문제로 처벌당한 교사는 구속 107명, 불구속 165명, 파면 134명, 해직 1,560명이었으며, 전교조의 합법화와 해직교사 복직을 위한 투쟁이 계속되었다. 그러다가 전교조는 교육부(지금의 교육인적자원부)가 제시한(1993. 7. 24) '선탈퇴 후복직' 방침을 받아들이게 되었고, 해직교사들은 복직신청서의 전교조 탈퇴 확인란에 확인도장을 찍음으로써 복직이 가능하게 되어 1994년 3월 1,329명의 임용이 확정되었다.

1998년 국제노동기구(International Labour Organization/ILO) 이사회는 한국 정부에 모든 교원의 노동조합 결성·가입의 허용, 전교조 인정, 공무원 결사자유 보장 등을 권고했다. 1999년 '교원의 노동조합 설립 및 운영 등에 관한 법률'이 제정되어 전교조가 합법화되었고, 2000년 6월 처음으로 교육부와 단체협상을 벌여 교육정책 협의기능 확보와 교원의 처우개선책 보장 등에 대한 합의를 끌어냈다.

합법화 이후 전교조는 교원 정책, 교육환경 개선, 사립학교 문제, 교육행정과 교육자치, 교육과정과 입시 등 교육 전반에 관한 의견개진과 개선을 위한 활동을 추진하고 있다.

중앙조직으로 총회·전국대의원대회·중앙위원회·중앙집행위원회·중앙상임집행위원회·회계감사위원회·선거관리위원회·특별위원회·상설위원회가 있으며, 지방조직으로는 전국16개 시·도지부, 230여 개 지회가 있다. 조합원은 2000년 현재 7만여 명이며, 서울특별시 당산동 본부와 각 시·도 지부에는 파견 교사가 전임상근자로 활동하고 있다.

전교조는 1993년 10월 1일 국제산업별노조연맹의 하나인 세계교원노동조합연맹(Education International/EI)에 가입했으며 전국민주노동조합총연맹에 가입한 상태이다.