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다른 법률과의 관계(제3조), 협정관세(제4조) 등 전문 25조와 부칙으로 이루어져 있다. 2005년 12월 31일 제정된 이후 내용이 일부 개정되었다.

이 법은 관세법에 우선하여 적용한다. 다만, 이 법에서 정하지 않은 사항에 대해서는 관세법에서 정하는 바에 따른다(제3조). 협정에 따라 체약상대국을 원산지로 하는 수입물품에 대하여 관세를 철폐하거나 세율을 연차적으로 인하하여 부과해야 할 관세(이하 '협정관세'라 한다)의 연도별 세율, 적용기간, 적용수량 등은 협정에서 정하는 관세의 철폐비율, 인하비율, 수량기준 등에 따라 대통령령으로 정한다(제4조).

기획재정부장관은 협정에서 정하는 범위에서 특정 물품의 수입증가로 인해 동종(同種) 물품 또는 직접적인 경쟁관계에 있는 물품을 생산하는 국내 산업의 심각한 피해 또는 국내 시장의 교란이 발생하거나 발생할 우려가 있다고 확인한 경우 그 심각한 피해 등을 구제하기 위해 필요한 범위에서 해당 물품에 대해 협정관세의 연차적인 인하 적용을 중지하거나 세율을 인상하는 등의 조치(이하 '긴급관세조치'라 한다)를 할 수 있다(제6조).

협정관세를 적용받으려는 자(이하 '수입자'라 한다)는 수입신고의 수리 전까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 협정관세의 적용을 신청해야 한다. 이 경우 수입자는 신청할 때에 원산지증빙서류를 갖추고 있어야 하며, 세관장이 요구하면 제출해야 한다(제10조). 관세청장 또는 세관장은 체약상대국에서 수입된 물품과 관련하여 협정에서 정하는 범위에서 원산지 또는 협정관세 적용의 적정 여부 등에 대한 확인에 필요하다고 인정하는 경우 제출된 원산지증빙서류의 진위 여부와 그 정확성 등에 관한 확인을 체약상대국의 관세당국에 요청할 수 있다(제13조).

관세청장은 협정을 통일적이고 효율적으로 시행하기 위해 필요한 통관 절차의 간소화, 다른 법률에 저촉되지 않는 범위에서의 정보 교환, 세관기술의 지원, 그 밖에 협정에서 정한 바에 따라 체약상대국의 관세당국과 협력할 수 있다(제18조).

세관공무원과 원산지증빙서류 발급자는 수입자·수출자·생산자 또는 체약상대국의 권한 있는 기관이 협정 및 이 법에서 정한 바에 따라 원산지의 결정, 관세의 부과·징수 또는 통관을 목적으로 제출한 자료로서 비밀취급자료로 지정된 자료를 자료제출자의 동의 없이 타인(체약상대국의 관세당국을 포함)에게 제공 또는 누설하거나 사용 목적 외의 용도로 사용해서는 안 된다(제20조). 이를 위반하여 비밀취급자료를 타인에게 제공 또는 누설하거나 목적 외의 용도로 사용한 자는 3년 이하의 징역 또는 3천만 원 이하의 벌금에 처한다(제22조).