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은총과 자유의지에 관한 이단교리인 펠라기우스주의를 단죄했다.

인노첸시오는 원래 로마 부제였던 것으로 추측되며, 401년 12월 22일 아나스타시오 1세에 이어 교황이 되었다. 404년 알렉산드리아의 총대주교 테오필루스가 폐위한(403) 콘스탄티노폴리스의 총대주교 성 요한 크리소스토모스를 복위시키기 위한 교회회의를 소집했다. 이 교회회의는 인노첸시오의 사절들이 콘스탄티노폴리스에서 투옥되어 열리지 못했으며, 요한 크리소스토모스는 죽은 뒤에 복위되었다(407).

인노첸시오의 교황권은 서(西)고트족의 족장 알라리크로 인해 위협받았다. 알라리크는 서로마 황제 플라비우스 호노리우스가 자신에게 유화적 태도를 보이지 않았다는 이유로 로마를 포위했다(408~410). 호노리우스는 라벤나로 도망했고, 인노첸시오는 평화를 중재하기 위해 그곳으로 갔다가(410) 412년 로마로 돌아왔다. 그는 알렉산데르를 안티오키아의 주교로 승인함으로써(414) 그곳 교구들과의 관계를 회복시켰고, 멜레티우스파의 분열과 삼위일체의 본질에 관한 4세기의 복잡한 논쟁을 종식시켰다.

417년 1월 펠라기우스주의를 이단으로 단죄하고 제창자 펠라기우스를 파문했다. 그는 교회분쟁을 해결할 때마다 항상 로마의 우위성을 내세웠다.