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케냐가 독립된 지 6년 후 암살되었다. 루오족 태생으로 선교학교를 졸업한 음보야는 나이로비에서 위생조사관으로 일을 시작했으며, 그시기에 초창기 케냐 노동조합운동에 가담했다. 키쿠르족이 유럽인의 토지소유에 저항하여 마우마우 반란을 벌일 당시 그는 케냐의 핵심적인 민족주의 지도자였다. 그는 1953~63년 케냐 노동연맹(KFL)의 총서기직을 역임했는데 케냐에서는 1960년까지 정치적 성향의 어떠한 아프리카 민족주의 조직도 허용하지 않았으므로 KFL의 총서기직은 특히 중요했다.

비록 KFL이 공공연히 정치에 참여할 수는 없었지만 음보야는 1957년 입법위원 선거에 노동자 후보로 출마하여 당선됨으로써 입법위원회에 선출된 8명의 아프리카인 중의 한 사람이 되었다. 그는 자신의 동료의원들과는 달리 1950년대 후반 영국의 식민지정부가 추진했던 다인종정치대표자정책에 반대했다.

그는 입법위원회 내에서 케냐 독립운동을 꾀하는 동시에 나이로비에서 인민회의당(People's Convention Party)을 결성했다. 독립 이전의 암울했던 10년 동안 그는 옥스퍼드대학교에서 1년간 공부했고 2차례 미국을 방문했다. 1959년 그는 동아프리카 대학생들(처음에는 케냐 학생만을 대상으로 했음)을 전세기편으로 미국에 보내기 위해 비용을 마련하고자 아프리카-아메리카 학생기금을 창설했으며, 그에 따라 더 많은 학생들이 해외유학의 기회를 부여받게 되었다.

음보야는 1960년 케냐 아프리카민족연맹(KANU)의 창립회원이 되었으며, 독립 이전의 연립정부에서 노동장관을 역임했다.

1961년 민족주의 지도자인 조모 케냐타가 석방됨에 따라 음보야의 권위는 약화되었으나, 케냐타가 이끄는 정부에 참여하여 법무장관(1963)과 경제계획개발장관(1964~69)을 역임했다. 1969년에 발생한 그의 암살사건은 온나라를 경악으로 몰아넣었고, 다수 종족인 키쿠유족과 기타 소수 종족, 특히 음보야의 루오족 간에 긴장을 악화시켰다.