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뇌 또는 척수조직 위축은 국소부위의 직접적 손상이나 그 부위의 혈액 공급을 방해하는 부상으로 인해 생길 수 있다. 말초신경이 절단되면 손상부위의 위쪽(세포체 쪽)이 변성되고 위축성 변화가 잇달아 일어나는데 이러한 위축을 왈러 변성(Wallerian degeneration)이라고 한다. 절단된 부위의 세포체 쪽 부분에 있는 신경섬유가 재생되지 않으면 신경말단 부분도 결국은 위축된다. 불용으로 인해 역행성 위축도 일어나는데 손상된 신경의 신경절세포에까지 영향을 미친다.

중추신경계의 어느 부위를 막론하고 압박이 지속되면 위축이 생긴다. 뇌를 둘러싸고 있는 막에 생긴 종양의 압력으로 인하여 근접한 뇌 구성물질에 국소화된 위축이 생긴다. 뇌수종(hydrocephalus)은 두개골의 단단한 골성 소실 내에 수분의 함량이 비정상적으로 많아져서 뇌조직에 광범위한 위축이 발생하는 것이다. 두개골 내의 압력이 증가하면 두개 아래면의 입구인 큰후두구멍(foramen magnum) 쪽으로 뇌의 일부분이 밀리게 되고 이것이 장시간 지속되면 골벽에 눌린 소뇌조직에 국소 위축이 온다.

만성감염의 말기에는 뇌에 위축이 오는 것이 특징이다. 가장 두드러진 예는 진행성마비인데 신경계의 매독감염으로 뇌가 줄어들고 무게가 감소하며 뇌피질, 특히 전두엽의 위축을 초래한다. 때로는 이 위축이 뇌의 한쪽에만 생기거나 국소적일 수도 있다. 뇌조직의 위축은 주로 피질에 있는 신경세포의 손실 때문에 생긴다.