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알칼로이드는 알칼로이드를 포함하고 있는 핵(원자고리)의 수와 그 특성에 따라 분류하면 편리하다. ① 피롤리딘：피롤리딘은 당근(Daucus carota)과 담배에서 발견되며 코코아 잎에는 히그린이 있다.

② 피리딘：니코틴과 아나바신 등이 있으며, 로벨린은 피리딘의 환원체인 피페리딘 유도체로 의약품으로 중요하게 쓰인다. 피리딘 알칼로이드에 속하는 화합물의 구조는 그림6에 잘 나타나 있다.

카르파인은 이중 락톤 고리를 가지며, 아스트로카신도 피리딘 핵을 갖고 있다.

③ 트로판：트로프산과 트로핀을 에스테르화 반응시키면 아트로핀이 얻어진다.

④ 피롤리지딘：5개의 원자로 이루어진 2개의 고리가 접합된 것으로, 레트로네신과 레트로르신이 있으며 쥐의 간에서 종양을 일으킨다.

⑤ 퓨린：카카오에 있는 테오브로민은 카페인의 원료로 쓰이며, 트리아칸틴은 강산으로 처리하면 아데닌이 된다.

⑥ 이소퀴놀린：파파베린·프로토베르베린·프로토핀이 있다. 아포모르핀은 아포르핀의 일종이며 글리우신은 최초의 합성 아포르핀이다. 그외에는 프로아포르핀·메캄브린·다우리신·투보큐라린·이소트릴로빈·리코린·크리닌·메셈브린 등이 있다.

⑦ 인돌：스트리크닌을 포함하는 인돌 알칼로이드는 아미노산인 트립토판에서 합성되나 그라민만은 트립타민에서 합성된다.

⑧ 퀴놀린：퀴닌과 신코나민 등이 있다.

⑨ 테르페노이드와 스테로이드：암모니아에서 온 질소 원자는 테르펜류와 스테로이드 분자와 결합하고 있다.

리콕토닌은 테르펜류에 속하며, 토마티딘은 스테로이드 알칼로이드이다.

⑩ 그밖의 알칼로이드：통풍이나 응혈의 치료에 쓰는 콜키신은 섭취하면 사망할 수도 있다. 리코포딘과 스파르테인은 이소펠레티에린에서 유도되며, 글로키디신과 필로카르핀은 히스티딘에서 유도된다.