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고고학적 증거에 의하면, 폴리네시아인들이 지금의 아메리칸사모아 제도에 2,500년 전에 거주했을 것으로 추정된다.

서유럽인들이 방문하고 탐험하기 전까지 투투일라 섬은 우폴루 섬(지금의 서사모아의 일부)의 부속지역이었으며, 마누아 제도는 강력한 추장이 통치했다.

네덜란드의 항해가인 야코프 로헤벤이 1722년에 마누아 제도를 발견하고 섬사람들과 접촉했다. 1768년 프랑스의 탐험가들이 이곳에 왔고, 1787년에 프랑스 원정대원 11명이 학살당했다. 이 사건 이후 40년 동안 서유럽 탐험가들은 이 제도를 기피했으며, 그동안 이 제도는 탈주 선원과 유형수들의 피난처가 되었다. 그후 1830년대에 런던 선교회 소속의 첫번째 선교사들이 들어온 뒤 투투일라와 마누아 제도가 차례로 전도됨에 따라 보다 많은 그리스도교 선교사들이 들어왔다.

1872년 1월에 미국은 파고파고에 해군기지설치권을 확보하는 조약을 사모아 왕국과 체결했다. 1889년에 미국·영국·독일이 사모아의 중립에 합의하고, 이 제도를 3국 공동보호령으로 삼았다. 1899년의 대표자회의에서 서경 171°이내의 동쪽 섬들에 대한 미국의 최우선권을 인정했고, 서쪽 섬들에 대해서는 독일에 최우선권을 인정했다.

고위 추장들의 연서로 동부 군도는 1904년 미국에 양도되었으나, 1929년에 가서야 비로소 미국 의회의 승인을 받았다(스웨인스 섬은 1925년에 영국에서 미국으로 양도되었다). 이 섬들은 미국 해군이 법적으로 관할했으며, 이 섬들의 행정부는 1951년에 미국의 내무부로 이관되었다. 1960년에 아메리칸사모아의 제헌의회가 이 지역 최초의 헌법을 승인했고, 1978년에 이 지역의 첫 민선 지사가 업무를 개시했다.