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아가시는 생존시에 가장 능력있고 현명하며, 가장 많은 정보를 가진 생물학자였다고 평가되고 있다. 그러나 그는 1859년에 발간된 다윈의 〈종의 기원 Origin of Species〉에 대해 냉담하고 비동정적인 반응을 보였다(→ 다윈설). 그것은 그의 평생을 통해 얻은 자연에 대한 시각이 새로운 진화의 이론을 대하는 태도를 결정한 것으로 보인다.

아가시는 다윈이 진화론 정립하는 데 중요한 근거로 사용했던 환경변화, 다양성, 유전형질의 변화 등에 관한 실제적인 증거들을 충분히 알고 있었다. 그러나 그는 유기체의 세계는 초월자가 직접 개입한 결과라는 생각을 고수했다. 다윈이 믿었던 기후·지질 변화, 빙하와 같은 자연현상의 변화는 새로운 종의 발달을 가져오는 것이 아니라, 기존의 종들이 멸종되는 결과를 가져온다고 생각했다.

층서적 증거에서는 퇴적암의 하층에서 볼 수 있는 고대의 동물과 식물은 매우 단순한 형태를 가지지만, 점차 상층으로 감에 따라 보다 발전된 형태의 동식물이 나타난다는 사실에는 그도 동의했다. 그러나 이러한 차이는 다윈이 설명한 것과 같은 개체들과 외부환경의 변화 사이의 상관관계에 의해 나타난 결과라는 주장에는 찬성하지 않았다. 유기체들은 독립적이고 특별한 변이로 구성되기 때문에 서로 다른 유기체들간에 유전적인 유사성은 없다는 점을 계속 주장했다. 식물과 동물의 종은 '신(神)의 사고'에 의해 만들어진 것이며, 상동관계나 해부학적인 유사성은 '신이 만들어낸 상상의 조합'으로 간주했다.

아가시의 자연에 관한 시각은 감각적으로 느껴지는 세계보다는 보이지 않는 것이 더욱 진실에 가깝다는 플라톤의 사상에서 많은 영향을 받았다. 따라서 환경의 특정한 변화가 유기체의 직접적인 변화를 가져온다고 보는 다윈의 자연관을 수용할 수 없었다.