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사제였다가 254년 5월 12일경 교황 성 루치오의 후계자로 축성되었다. 그의 교황 재위 기간에 대한 자세한 내용은 경쟁자였던 카르타고의 주교 성 치프리아노가 쓴 편지에 나오는 3개의 보고서를 통해 알려졌다.

그는 로마 황제 데키우스 치하의 그리스도교 박해 기간중 이교(異敎)신들에게 제사를 드린 혐의로 동료들로부터 정죄받은 스페인의 두 주교, 메리다의 마르티알리스와 레온 아스토르가의 바실리데스를 복권시켰다. 그러나 스페인 주교들은 스테파노의 복권 조치를 받아들이지 않고 치프리아노가 이끄는 아프리카 주교들에게 호소했으며, 치프리아노는 이 두 주교를 복권시키지 말도록 스페인 교회에 충고했다.

때마침 갈리아 주교들은 대립교황 노바티아누스를 추종하는 아를의 주교 마르키아누스를 분파주의자로 고소했다. 치프리아노는 갈리아 주교들의 입장을 지지하고 아를 교구의 후임자 선출을 요청하는 편지를 스테파노에게 보냈으나 그는 마르키아누스를 해임시키라는 요구를 단호히 거절했다.

스테파노와 치프리아노 사이의 3번째 갈등은 가장 심각한 것이었다. 스테파노는 (치프리아노를 포함하여) 아프리카와 소아시아의 주교들에게 만일 이교도에 대한 재세례 관행을 그만두지 않으면 파문하겠다고 위협했다. 치프리아노는 자기 입장을 옹호하는 논문을 작성하여 256년 카르타고 공의회의 지지를 받은 뒤 스테파노를 맹렬히 비판하고, 로마에 사절들을 파견하여 카르타고가 로마로부터 분리 독립할 것임을 경고했다.

각 주교가 자신의 주교 관구를 통제한다는 치프리아노의 주장에 맞서 스테파노는 교황의 수위권(首位權)을 강력하게 주장했으며, 치프리아노가 파견한 사절들을 이단자로 간주했다. 이무렵 로마 황제 발레리아누스가 그리스도인에 대한 박해를 시작했고, 이 시기에 스테파노는 죽었다. 그러나 그가 순교했는지는 확실하지 않다.