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행동주의의 대표적 인물로 꼽힌다. 행동주의는 환경에 대한 생리적 반응이라는 관점에서 인간행동을 바라보며 인간의 본성을 밝히는 가장 직접적인 수단으로서 반응에 대한 통제된 과학적 연구를 지지한다.

러시아 심리학자 이반 파블로프의 조건반사 연구, 버트런드 러셀의 행동주의에 관한 논문들 및 행동주의 창시자 존 B. 윗슨의 사상을 통해 심리학에 매력을 느꼈다.

1931년 하버드대학교에서 박사학위를 받은 뒤 1936년까지 연구원으로 근무했다. 1936년 미니애폴리스의 미네소타대학교 교수가 되었고 이곳에서 〈유기체의 행동 The Behavior of Organisms〉(1938)을 썼다. 1945~48년 블루밍턴의 인디애나대학교 심리학교수를 지내면서 '공기침대'(air-crib)를 발명하여 대중의 관심을 끌었다. 공기침대는 방음장치가 되어 있고 세균이 없으며 공기가 조절되는 커다란 상자로, 생후 2년 동안 아동의 성장에 가장 적합한 환경을 제공하는 아기보육기로 사용할 수 있도록 고안된 것이다.

1948년 그는 가장 많은 논쟁을 불러일으켰던 저작의 하나인 〈월든 투 Walden Two〉를 출간했는데 이 책은 자신의 사회공학 원리를 모델로 한 이상사회의 생활을 그린 소설이다. 1948년부터 하버드대학교 심리학교수로 재직하면서 이후 30여 년 동안 심리학자들에게 영향을 미쳤다. 그는 자신이 고안한 다양한 실험장치를 이용하여 실험용 동물들을 복잡한 행동이나 때로는 아주 유별난 행동을 하도록 훈련시켰다. 그 훈련의 놀라운 예로는 탁구를 하도록 학습된 비둘기를 들 수 있다. 그의 가장 유명한 발명품의 하나인 스키너 상자는 약물이 동물의 행동을 어떻게 변화시키는지를 관찰하는 제약연구에 사용되었다.

연구동물들을 단계적으로 훈련시킨 경험을 통해 프로그램 학습원리들을 정립한 스키너는 이른바 '교수기계'(teaching machine)를 사용함으로써 그 원리들이 이루어지기를 기대했다. 그의 접근법에서 핵심적인 개념은 강화 또는 보상이다. 자기 나름의 속도를 정하고 교수기계를 이용하여 학습하는 학생은 자신이 익히려는 주제에 관한 질문에 정확히 대답하면 보상을 받는다. 그럼으로써 학습은 강화된다.

스키너는 널리 읽히는 저작 〈과학과 인간행동 Science and Human Behavior〉(1953)을 비롯하여 〈언어행동 Verbal Behavior〉(1957)·〈행동분석 The Analysis of Behavior〉(J. G. 홀런드와 공저, 1961)·〈교수기술 Technology of Teaching〉(1968) 등 많은 책을 썼다. 상당한 논쟁을 불러일으켰던 〈자유와 존엄을 넘어 Beyond Freedom and Dignity〉(1971)에서는 자유와 존엄 개념이 자기파멸을 부를 수도 있다고 주장하면서 물리학 또는 생물학의 기술과 비교할 만한 행동기술 개념의 필요성을 주장했다.

4권으로 계획된 자서전의 제1권 〈내 인생의 명세서 Particulars of My Life〉는 1976년에 나왔다. 제2권 〈행동주의자가 되다 The Shaping of a Behaviorist〉는 1979년, 〈비망록 Notebooks〉은 1980년에 나왔다.