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서원은 유림이 선현의 제사를 거행하고 양반 자제들에게 유학을 가르치기 위하여 설치된 것으로, 이는 주자학적 질서체계를 이끌어갈 정치 지배세력의 양성기관인 동시에 지배세력이 향촌사회를 지배하는 거점이 되었다.

서원은 사림에 의해 설립된 사학이었으므로, 원칙적으로는 국가적 차원의 경제보장이 없었다. 그러나 서원을 통하여 향촌질서가 재수립되고 관료가 배출되면서, 서원은 사학이면서도 국가와 일정한 관련을 가지며 서원전을 마련하여 경제적 토대를 갖추었다.

서원전은 서원을 세우는 데 참여한 지방 유림들이 토지를 기증하거나, 자금을 모아 토지를 구입함으로써 마련되었다. 이를 지주제로 운영함으로써 그 지대수입을 서원의 운영비로 사용했다. 이와 같이 재지양반들에 의해 서원전의 대부분이 마련되었으나, 서원이 국가 향촌 통치기구로서 장려되었기 때문에 국가나 지방관에 의해 공전이 지급되기도 했다.

1543년(중종 38) 풍기군수로 있던 주세붕이 순흥에 백운동서원을 세울 때 불교사원으로부터 몰수한 속공전 얼마와 약간 명의 노비를 제공한 것이 서원전의 시초이다. 그뒤 선조 때에 이르면서 관례적으로 외방서원에 둔전뿐 아니라 공전도 나누어주었다. 이때 서원은 지급된 토지를 운영하여 지대수입을 획득하기는 하나, 소유권은 서원의 것이 아니라 그대로 각 해당관아에 속해 있었다. 이외에 정부에서 수세지를 지급하거나 면세권 등의 조세상의 특권을 부여하기도 했다.

18세기 이후에는 국가에 의한 지급은 보이지 않고, 매득이나 원납이 토지확보의 주요방법이었으며, 대체로 소유지에 대한 면세조치만이 시행되고 있었다. 서원 소유지에 대한 면세는 규정없이 숙종 때까지 관례적으로 지급되고 있었으나, 서원의 남설과 각 토지에 대한 토지소유권의 발전과 이에 기초한 조세체계가 수립되면서, 면세는 곧 민결의 침탈이자 국가재정의 감축으로 간주되었다. 따라서 〈속대전〉(1746)에는 사액서원에만 3결을 면세조치하고, 그 이후는 면세전 지급을 금지했다.

서원 소유지는 노비를 이용하여 직영하다가 18세기 이후 노비제를 유지하기 곤란하자 필요 인원을 제외한 나머지 인원을 방매·방량하고 소작인을 모집하여 운영하는 것이 보편화되었으나, 이때 양반작인은 원칙적으로 금지되었다. 그후 고종 때에 대원군에 의한 서원철폐로 속공전이 환수되고 규정 외의 면세조치가 철회되었다. 그러나 서원 스스로가 마련한 소유지의 경우에는 일제하까지 지주제로 운영되었다.