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바쿠후[幕府]의 다이묘[大名：봉건 영주] 통제책의 하나이다. 다이묘들은 일정 기간 교대로 수도 에도[江戶]에 머물러 근무하고, 영지로 내려갈 때는 부인과 가족들을 에도에 인질로 두고 가야 했다. 여러 다이묘들도 자신의 영지에서 가신들에게 이 제도를 모방·적용했는데, 이 제도는 다이묘들을 계속해서 도쿠가와 바쿠후에 복종하게 하는 데 큰 역할을 했다.

또한 다이묘가 필요로 하는 것을 공급하기 위해 상인들이 지방과 중앙의 수도로 모여들었기 때문에 교통과 상업 경제의 발전을 촉진했다. 반면에 다이묘들은 영지의 통치를 소홀히 하게 되었고 그들의 부채는 쌓여만 갔다. 바쿠후의 정책에 대한 불만이 점차 높아짐에 따라 산킨코타이 제도는 1862년 사실상 폐지되었다. 1865년 이 제도를 다시 시행하려는 시도가 있었지만 실패로 끝났으며, 얼마 안 가 바쿠후 체제는 붕괴되었다.