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사람의 주조직 적합성 복합체(major histocompatability complex/MHC)를 형성한다. 이 항원은 면역체계를 가동시키고 조절하는 데 중요한 요소이며, 이질적인 조직이나 기관을 거부하는 데 중요한 역할을 하기 때문에 이식(移植)의 성공 여부를 결정하는 요소이다. HLA 복합체(백혈구에서 처음 발견되어 이러한 이름이 붙여짐)는 유전적으로 결정되기 때문에 형제들간에 HLA 체계가 완전히 일치할 확률은 1/4이다.

HLA 복합체는 인체의 모든 핵세포에서 발견되며 여러 종류의 단백질분자를 함유하고 6번 염색체에 위치하고 있다. HLA의 발견으로 개인은 각각 혈액형뿐 아니라 조직형을 갖고 있다는 것이 증명되었다. 그러나 HLA 조직형은 혈액형 판정보다 훨씬 더 복잡해서 다양하게 결합된 80가지 이상의 표지(標識) 물질이 있다.

HLA 복합체의 각 항원은 유전표지로서도 중요한 역할을 한다. 강직성척추염(强直性脊椎炎 ankylosing spondylitis), 연소성당뇨병(年少性糖尿病), 중증근무력증(重症筋武力症), 류머트 관절염 등의 특정 질병을 앓는 환자는 각기 특징적인 HLA 표지를 지니고 있을 것이라는 사실이 연구 결과 밝혀지고 있다. 친자확인검사나 인류학 연구에도 HLA 유형검사를 이용한다.