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본대학교의 기원은 1777년 쾰른의 대사교에 의해 설립된 본쾰른선제후령아카데미까지 거슬러 올라간다. 1786년 독일신성로마제국의 요제프 2세가 공식 학위수여권을 부여하면서 대학으로 승격되었다. 본이 프로이센에 합병되면서 1818년 프리드리히 빌헬름 3세에 의해 베를린대학교에 맞먹는 규모로 설립되어 지금의 본대학교(Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn)라는 이름을 얻게 되었다. 프로이센의 여섯째 대학이었다. 1934년 농업전문대학을 농학부로 흡수하여 복음신학, 가톨릭신학, 법·국가학, 의학, 철학, 수학·자연과학, 농학의 7학부제가 되었다. 1960년대 후반부터 학생 수가 급격하게 증가했다. 2015년 영국 일간지 <타임스 The Times>가 실시하는 THE(Times Higer Education) 세계 대학 순위에서 94위, 중국 상하이 자오퉁대학이 발표하는 ARWU(Academic Ranking of World Universities) 세계 대학 학술 순위에서 97위로 선정되었다.

2016년 현재 가톨릭신학부·개신교신학부·법학경제학부·의학부·예술학부·수학자연과학부·농학부 등 7개의 학부로 구성되어 있다. 대학원 과정은 수학·경제학·물리천문학·생명의학·약물학·동양아시아연구 등의 전공 분야가 개설되어 있다. 100여 개의 도서관에 5백만 권이 넘는 도서와 자료를 소장하고 있고, 다수의 박물관을 갖추고 있다. 부설 연구소로 노동연구소·막스플랑크전파천문학연구소 등이 있다.

본대학교는 1989년 노벨물리학상을 받은 볼프강 파울과 1994년 노벨경제학상을 받은 라인하르트 젤텐 등 2명의 노벨상 수상자를 배출했다. 본대학교 출신으로 저명한 인물로는 프로이센의 왕 프리드리히 3세, <자본론>을 통해 공산주의 사회 건설을 주장한 카를 마르크스를 비롯하여 시인 하인리히 하이네, 화가 막스 에른스트 등이 있다.