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회충 알을 재료로 하여 염색체가 세포핵 안에 있는 독립적이고 연속적인 실체임을 증명했다. 1885년 뮌헨대학교에서 의사 자격을 얻었고, 1885~93년 뮌헨의 동물학연구소에서 세포학을 연구했다.

1885년에 염색체에 관한 일련의 연구를 시작했는데, 그의 첫번째 주요연구보고는 극체의 형성을 포함한 미수정란 발생에 대한 서술이었다(1887). 그후 회충(Ascaris)의 초기 난할단계 동안 난핵에 나타나는 손가락 모양의 돌기에 대해 설명했는데, 이전에는 핵의 일부분이며 핵분열이 일어나는 동안에만 나타난다고 믿었던 이 구조를 그는 염색체라고 결론지었다.

3번째 연구보고에서 벨기에의 세포학자인 에두아르 반 베네당에 의해 소개된 이론인 난자(난세포)와 정자는 수정시 만들어지는 새로운 세포에 같은 수의 염색체를 제공한다는 것을 증명했다. 후에 보베리는 중심체(centrosome)란 용어를 소개했고, 이 구조가 분열하는 난세포의 분열 중심이라는 것을 입증했다.

각 염색체가 특정 유전형질을 결정함을 증명했으며, 염색체가 핵을 둘러싸고 있는 세포질에 의해 영향받는다는 것을 보여줌으로써 세포질의 중요성을 입증했다(→ 세포학). 1893년 그는 뷔르츠부르크대학교의 교수가 되었다.