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말레이 열도의 대(大)순다 열도에 속한다. 북서쪽으로 남중국해에 면해 있으며 시계바늘 방향으로 술루 해와 셀레베스 해, 마카사르 해협, 자바 해로 둘러싸여 있다.

정치적으로는 인도네시아령(領)·말레이시아령 보르네오와 브루나이로 나뉘는데, 이 가운데 1949년까지 네덜란드령이었던 인도네시아령 보르네오, 곧 칼리만탄이 가장 넓은 지역을 차지한다. 북서해안과 북쪽 끝을 따라 1963년 말레이시아 연방에 가입한 사라와크와 사바(옛 이름은 북보르네오)가 자리잡고 있으며, 그 사이에 브루나이 이슬람 술탄국이 있다.

강낭콩과 비슷한 모양을 한 보르네오 섬은 산이 많으며 대부분 빽빽한 우림(雨林)으로 덮여 있다. 북동-남서 방향으로 길이 1,336㎞, 최대폭은 960㎞이다. 북동쪽 끝에는 키나발루 산(4,101m)을 최고봉으로 하는 척추 모양의 산맥이 섬을 가로질러 남서쪽 크로케르·니에우엔후이스·물레르 산맥 쪽으로 뻗어 있다.

보르네오 대부분 지역에는 항행이 가능한 강들이 흐르며, 무역과 경제활동의 대부분이 이들 강을 통해 이루어진다. 북쪽으로 갈수록 섬은 좁아지고 항행길이가 160㎞ 또는 그 정도도 안 되는 강들도 점차 드물어진다. 이런 환경 때문에 보르네오 북부내륙은 최근까지도 세계에서 가장 덜 알려진 곳으로 남아 있다

기후는 두 계절이 아주 확실히 구분되는 덥고 습한 적도성 기후로 10~3월은 몬순 기후(란다스)이며 나머지 기간은 비교적 건조하고 더운 날씨가 이어지는 여름(테도)이다. 연평균강우량은 3,800㎜이다. 보르네오의 식물과 동물 분포는 매우 다양하다. 세계에서 가장 큰 꽃인 라플레시아와 오랑우탄·긴팔원숭이·대만표범·코끼리·코뿔소 등이 대표적인 동·식물류이며 곤충류도 많이 있다.

인구의 3/4이 인도네시아 영토에 거주하고 있으며, 인종 구성은 다양해 비(非)이슬람교도인 다야크족, 이슬람말레이인, 중국인, 소수 유럽인 등을 포함한다. 상업성 있는 광물자원은 빈약하며 19세기초 이래 금·다이아몬드·안티몬·수은·석고·철광석 등이 개인업자들에 의해 소량 생산되고 있다.

섬 북부해안 대륙붕에 12개 이상의 유전이 있으며, 브루나이의 탄중발릭파판에도 유전이 있다. 아타카 지역을 중심으로 동해안 개발이 이루어지고 있으며 아타카 남서쪽의 다투 곶 근방에서는 1958년 이래 보크사이트가 개발되고 있다. 섬 남서부에서는 석탄이 채광된다.

보르네오의 토양은 몇몇 비옥한 화산지역을 제외하고는 대체로 척박한 편이다. 주식인 쌀의 부족을 옥수수·카사바·오이·호박으로 보충한다. 고무가 원주민들의 소규모 농장에서 생산되며 후추는 중국인 거주자들에 의해 대규모로 재배된다. 최근에는 사리수 종자와 치클이 새로운 시장을 형성하고 있다. 해안지역에서는 사고야자·코프라·커치(맹그로브 나무껍질에서 추출되는 염료)·해산물 등을 수출한다. 담배가 고지대에서 재배되어 저지대로 거래되며 커피·코코아·삼의 실험재배도 이루어진다.

보르네오는 150년경 프톨레마이오스의 〈지리학 안내 Guide to Geography〉에 처음으로 언급되었다. 로마인들과 거래할 때 썼던 구슬과 인도 자바인들의 선사시대 유물들이 발견됨으로써 BC 2~3세기경 이 지역에 찬란한 문명이 존재했었다는 사실이 밝혀졌으며, 쿠타이에서 발견된 5세기 초기의 것으로 보이는 3개의 거친 머릿돌에는 브라만 사제에게 주었던 선물이 기록되어 있어 칼리만탄 동부에 힌두 왕국이 있었음을 알 수 있다.

굽타 양식의 브라만 상(像)과 불상이 카푸아스와 칼리만탄 서부의 강유역에서 발견되기도 했다. 그뒤 자바 동부 마자파히트 제국(1293경~1520)의 봉건제후들이 칼리만탄을 통치했으며 16세기초에는 이슬람교가 유입되면서 반자르마신·삼바스·수카다나·란다크를 비롯하여 많은 이슬람 왕국이 세워졌다. 수카다나의 통치자들은 자바의 이슬람 마타람 왕국에 충성을 바쳤다.

보르네오는 14세기 동남 아시아를 지나간 여행자들에 의해 유럽에 알려지기 시작했다. 최초의 유럽인 방문객으로 기록되어 있는 인물은 프란체스코회 수사인 오도릭 다 포르데노네로서 1330년 인도에서 중국으로 가는 도중에 탈라마심을 방문했다.

스페인인들에 이어 포르투갈인들이 16세기초 무역연락소를 세워 무역을 독점했으나 17세기초 마타람 왕국을 대신해 이슬람 왕국들의 내정을 간섭하기 시작한 네덜란드의 개입으로 이들의 독점무역은 무너지게 되었다. 남중국해와 술루 해를 따라 필리핀 제도 쪽으로 나 있는 길고 좁은 해안은 종종 술루 해적들의 습격을 받았다.

영국의 세력이 커짐에 따라 네덜란드의 세력은 점점 줄어들었는데 이런 현상은 특히 북부와 서부 지방에서 심했다. 한때 섬 전체를 지배했던 브루나이 술탄국은 19세기경에는 북부와 북서 지역만을 통치하게 되었으며, 사라와크는 남서쪽에서 분리하여 독립왕국이 되었다가 영국의 식민지가 되었다. 북동쪽에서는 영국회사가 북보르네오(지금의 사바)를 차지하여 무역을 진전시키고 해적행위를 막고자 했으나 1912년까지는 명확히 경계를 나누지 못했다. 사라와크와 사바를 잃음으로써 브루나이는 매우 약화되어 마침내 영국의 보호령이 되었다.

제2차 세계대전중인 1941~42년 일본인들의 침략으로 이름뿐이던 영국·네덜란드 군대가 철수했으나 1945년 재탈환되었다. 1946년 7월 사라와크와 북보르네오가 영국 직할식민지로 되었으며, 네덜란드령 보르네오에서는 강한 민족주의가 대두해 인도네시아인들과 통치를 재개하려던 네덜란드군 사이에 싸움이 일어나게 되었다.

1949년 네덜란드령 보르네오의 주권이 인도네시아로 넘어갔고 다음해 새 헌법에 의해 인도네시아 공화국의 영토로 선언되었다. 사바와 사라와크는 영국정부가 주권행사를 포기한 1963년 곧 말레이시아 연방에 편입되었다. 이에 대한 인도네시아인들의 적대감이 국경을 넘나드는 게릴라 습격 형태로 표출되었으나 1966년 협정을 맺으면서 게릴라전은 종식되었다.

브루나이는 일본인들이 점령했던 기간을 제외하면 1888~1983년 영국의 보호 아래 있었으며 1984년 1월 완전히 독립했다.